Improving the calculation of binding free energies in protein-ligand complexes

  • Svendsen, Casper Steinmann, (Head coordinator)

Project: Research

Project Details

Layman's description

Bakteriel resistens overfor antibiotika er et stigende problem i verdenen. Den
bakterielle resistens opstår fordi bakterier producerer enzymer, de såkaldte betalactamaser, der nedbryder antibiotika såsom penicillin. Hvis vi skal gøre os håb om at kunne designe nye og bedre antibiotika, der ikke bliver nedbrudt af betalactamase, så vi stadigvæk kan behandle syge imod bakterielle infektioner, er det nødvendigt at vi kender mekanismen for hvordan penicillin (og andre lignende molekyler) binder til beta-lactamase. Hvis vi kender mekanismen bag, kan vi intelligent designe nye molekyler der ikke bliver nedbrudt. Dette projekt søger at bestemme, baseret på avancerede computermodeller og beregninger, hvordan mekanismen bag bindingen fungerer. Det er stadigvæk et åbnet spørgsmål. For at gøre disse beregninger mulige kræver det computermodeller som er yderst præcise, men som kan anvendes til mange tusinde beregninger på store biomolekylære systemer. I dette projekt formuleres og anvendes en fragment-baseret metode der opfylder netop disse krav og sammen med avancerede molekylærdynamiske metoder til at udvælge væsentlige strukturer vil det være muligt at anvende meget korrekte metoder til nøjagtig bestemmelse af hvordan beta-lactamase binder eksempelvis pencillin i forhold til andre lignende molekyler.
StatusFinished
Effective start/end date01/09/201528/02/2018