Lundbeckfonden - Spatial-temporal characterization of the mouse brain proteome during development and pathogenesis using novel bioinformatics analysis of PTM cross-talk

  • Edwards, Alistair (Head coordinator)

Project: Research

Project Details

Description

Hjernens udvikling er en dynamisk proces, der sker gennem hele livet. Processen kan delesop i 2 faser; den prænatale fase, som sker under fosterudviklingen og den postnatale, som erden udvikling og fin-tuning af hjernen, der foregår efter fødslen. Karakteristisk for beggeudviklingsstadier er, at der sker omfattende ændringer i både mængden og typen af protein(proteomet) der er til stede i hjernen som følge af den stigende cellediversitet. Dennediversitet ligger til baggrund for hjernens og nervesystemets kapacitet til at dannekomplekse netværk og styre sofistikeret adfærd. I det pågældende projekt vil vi karakterisereændringer i proteinsammensætningen såvel som proteinernes post-translationelle modifikationer(PTMer) under den tidlige postnatale udvikling af musehjernen. Vi bruger sommodelsystem for tidlig postnatal udvikling musehjerner fra postnatal dag 0/1, 8, 21 og 80idet musehjerners udvikling primært sker i denne periode. Derudover anvender vi enomfattende kvantitative massespektrometrisk strategi til analyse af proteinernes ekspressionog deres fosforylerings, glycosylerings og acetylerings status, som er udviklet i værtslaboratoriet,og som rutinemæssigt resulterer i identifikation og kvantisering af flere tusinderproteiner og PTMer endda fra meget små mængder prøvemateriale. Proteiner vil bliveekstraheret fra hjernevæv samt specifikt fra hippocampus og cerebellum framusemodelsystemet og analyseret med vores omfattende metode. Data vil blive ekstraheretog analyseret med en mængde bioinformatiske værktøjer deriblandt et program udviklet afansøgeren selv. Derudover, vil et antal proteiner, som udviser en tydelig ændring i proteineller ændring af modifikationsniveauet under hjerneudviklingen, efterfølgende bliveanalyseret ved at anvende RNAi knock-down af de relevante homologe proteiner iDrosophila Melanogaster. Bagefter, vil vi laver den samme kvantitative analyse i enmusemodel for Alzheimer’s Disease.
StatusFinished
Effective start/end date01/01/201331/12/2014