Find publikationer

Søg emneordskoncepter
Valgte filtre

Udgivelsessår

  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2017
  • 2016

Forfatter

  • Jan Baumbach
Tidsskriftartikel

Jllumina: A comprehensive Java-based API for statistical Illumina Infinium HumanMethylation450 and MethylationEPIC data processing

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Lund, J., Mohammadnejad, A., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Baumbach, J. & Röttger, R., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 4, s. 294 9 s., 294.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
81 Downloads (Pure)

KeyPathwayMinerWeb: online multi-omics network enrichment

List, M., Alcaraz, N., Dissing-Hansen, M., Ditzel, H. J., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W98-W104

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
171 Downloads (Pure)

LifeStyle-Specific-Islands (LiSSI): Integrated Bioinformatics Platform for Genomic Island Analysis

Barbosa, E., Rottger, R., Hauschild, A-C., Soares, S. D. C., Boecker, S., Azevedo, V. & Baumbach, J., 2017, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 14, 2, 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
138 Downloads (Pure)

Metagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments

Zeng, Y., Baumbach, J., Barbosa, E. G. V., Azevedo, V., Zhang, C. & Koblížek, M., 2016, I : Environmental Microbiology Reports. 8, 1, s. 139-149

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Molecular signature of different lesion types in the brain white matter of patients with progressive multiple sclerosis

Elkjaer, M. L., Frisch, T., Reynolds, R., Kacprowski, T., Burton, M., Kruse, T. A., Thomassen, M., Baumbach, J. & Illes, Z., 11. dec. 2019, I : Acta Neuropathologica Communications. 7, 17 s., 205.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
57 Downloads (Pure)

On the performance of de novo pathway enrichment

Batra, R., Alcaraz, N., Gitzhofer, K., Pauling, J., Ditzel, H. J., Hellmuth, M., Baumbach, J. & List, M., 2017, I : n p j Systems Biology and Applications. 3, 6.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
175 Downloads (Pure)

On the performance of pre-microRNA detection algorithms

Saçar Demirci, M. D., Baumbach, J. & Allmer, J., 2017, I : Nature Communications. 8, 9 s., 330.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
140 Downloads (Pure)

On the power of epigenome-wide association studies using a disease-discordant twin design

Li, W., Christiansen, L., Hjelmborg, J. V. B., Baumbach, J. & Tan, Q., 1. dec. 2018, I : Bioinformatics. 34, 23, s. 4073–4078

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Orthologous proteins of experimental de- and remyelination are differentially regulated in the CSF proteome of multiple sclerosis subtypes

Martin, N. A., Nawrocki, A., Molnar, V., Elkjaer, M. L., Thygesen, E. K., Palkovits, M., Acs, P., Sejbaek, T., Nielsen, H. H., Hegedus, Z., Sellebjerg, F., Molnar, T., Barbosa, E. G. V., Alcaraz, N., Gallyas, F., Svenningsen, A. F., Baumbach, J., Lassmann, H., Larsen, M. R. & Illes, Z., 2018, I : PLOS ONE. 13, 8, s. 1-26 e0202530.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
158 Downloads (Pure)

Osteogenesis depends on commissioning of a network of stem cell transcription factors that act as repressors of adipogenesis

Rauch, A., Haakonsson, A. K., Madsen, J. G. S., Larsen, M., Forss, I., Madsen, M. R., Van Hauwaert, E. L., Wiwie, C., Jespersen, N. Z., Tencerova, M., Nielsen, R., Larsen, B. D., Röttger, R., Baumbach, J., Scheele, C., Kassem, M. & Mandrup, S., apr. 2019, I : Nature Genetics. 51, 4, s. 716-727

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

PetriScape: A plugin for discrete Petri net simulations in Cytoscape

Almeida, D., Azevedo, V., Silva, A. & Baumbach, J., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 1, 6 s., 284.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
64 Downloads (Pure)

Robust de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner 5

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016, I : F1000Research. 2016, 5, 10 s., 1531.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
172 Downloads (Pure)

The druggable pocketome of Corynebacterium diphtheriae: A new approach for in silico putative druggable targets

Hassan, S. S., Jamal, S. B., Radusky, L. G., Tiwari, S., Ullah, A., Ali, J., Behramand, de Carvalho, P. V. S. D., Shams, R., Khan, S., Figueiredo, H. C. P., Barh, D., Ghosh, P., Silva, A., Baumbach, J., Röttger, R., Turjanski, A. G. & Azevedo, V. A. C., 2018, I : Frontiers in Genetics. 9, 9 s., 44.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
124 Downloads (Pure)

The Selection of a Hepatocyte Cell Line Susceptible to Plasmodium falciparum Sporozoite Invasion That Is Associated With Expression of Glypican-3

Tweedell, R. E., Tao, D., Hamerly, T., Robinson, T. M., Larsen, S., Grønning, A. G. B., Norris, A. M., King, J. G., Law, H. C. H., Baumbach, J., Bergmann-Leitner, E. S. & Dinglasan, R. R., 28. feb. 2019, I : Frontiers in Microbiology. 10, FEB, 16 s., 127.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
104 Downloads (Pure)

TiCoNE 2: A Composite Clustering Model for Robust Cluster Analyses on Noisy Data

Wiwie, C., Röttger, R. & Baumbach, J., 28. apr. 2019, I : arxiv.org.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Fil
8 Downloads (Pure)

Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets

Wiwie, C., Kuznetsova, I., Mostafa, A., Rauch, A., Haakonsson, A., Barrio-Hernandez, I., Blagoev, B., Mandrup, S., Schmidt, H. H. H. W., Pleschka, S., Röttger, R. & Baumbach, J., 2019, I : Systems medicine (New Rochelle, N.Y.). 2, 1, 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
105 Downloads (Pure)