Find publikationer

Søg emneordskoncepter
Valgte filtre

Udgivelsessår

  • 2020
  • 2018
  • 2016

Forfatter

  • Daniel Merkle
2018

Linear time canonicalization and enumeration of non-Isomorphic 1-Face embeddings

Hellmuth, M., Knudsen, A. S., Kotrbík, M., Merkle, D. & Nøjgaard, N., 2018, 2018 Proceedings of the 20th Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2018. Venkatasubramanian, S. & Pagh, R. (red.). Society for Industrial and Applied Mathematics Publications, s. 154-168

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2016

A Software Package for Chemically Inspired Graph Transformation

Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P. F., 2016, Graph Transformation: Proceedings of the 9th International Conference on Graph Transformation. Echahed, R. & Minas, M. (red.). Springer, s. 73-88 (Lecture Notes in Computer Science, Bind 9761).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2018

Partial homology relations - satisfiability in terms of di-cographs

Nøjgaard, N., El-Mabrouk, N., Merkle, D., Wieseke, N. & Hellmuth, M., 2018, Computing and Combinatorics: 24th International Conference, COCOON 2018, Proceedings. Zhu, D. & Wang, L. (red.). Springer, Bind 10976. s. 403-415 (Lecture Notes in Computer Science, Bind 10976).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

Fil
128 Downloads (Pure)
2020

A graph-based tool to embed the π-calculus into a computational DPO framework

Andersen, J. L., Hellmuth, M., Merkle, D., Nøjgaard, N. & Peressotti, M., 8. mar. 2020, I : CEUR Workshop Proceedings. 2568, s. 121-132

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil

Combining Graph Transformations and Semigroups for Isotopic Labeling Design

Andersen, J. L., Merkle, D. & Rasmussen, P. S., feb. 2020, I : Journal of Computational Biology. 27, 2, s. 269-287 19 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

A Generic Framework for Engineering Graph Canonization Algorithms

Andersen, J. L. & Merkle, D., apr. 2020, I : A C M Journal of Experimental Algorithmics. 25, 1, 1.2.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

DNA-templated synthesis optimization

Hansen, B. N., Larsen, K. S., Merkle, D. & Mihalchuk, A., 2018, I : Natural Computing. 17, 4, s. 693-707

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
79 Downloads (Pure)

Time-consistent reconciliation maps and forbidden time travel

Nøjgaard, N., Geiß, M., Merkle, D., Stadler, P. F., Wieseke, N. & Hellmuth, M., 2018, I : Algorithms for Molecular Biology. 13, 1, 17 s., 2.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
134 Downloads (Pure)

A generic framework for engineering graph canonization algorithms

Andersen, J. L. & Merkle, D., jan. 2018, 2018 Proceedings of the 20th Workshop on Algorithm Engineering and Experiments, ALENEX 2018. Venkatasubramanian, S. & Pagh, R. (red.). Society for Industrial and Applied Mathematics Publications, s. 139-153

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

Fil
182 Downloads (Pure)

Rule composition in graph transformation models of chemical reactions

Andersen, J. L., Flamm, C., Merkle, D. & Stadler, P. F., 1. jan. 2018, I : Match. 80, 3, s. 661-704 44 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
57 Downloads (Pure)
2016

Automatic Inference of Graph Transformation Rules Using the Cyclic Nature of Chemical Reactions

Flamm, C., Merkle, D., Stadler, P. F. & Thorsen, U., 2016, Graph Transformation: Proceedings of the 9th International Conference on Graph Transformation. Echahed, R. & Minas, M. (red.). Springer, s. 206-222 (Lecture Notes in Computer Science, Bind 9761).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2018

Towards mechanistic prediction of mass spectra using graph transformation

Andersen, J. L., Fagerberg, R., Flamm, C., Kianian, R., Merkle, D. & Stadler, P. F., 1. jan. 2018, I : MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry. 80, 3, s. 705-731

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
56 Downloads (Pure)

Finding the K best synthesis plans

Fagerberg, R., Flamm, C., Kianian, R., Merkle, D. & Stadler, P. F., 5. apr. 2018, I : Journal of Cheminformatics. 10, 21 s., 19.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
188 Downloads (Pure)