Find publikationer

Søg emneordskoncepter
Valgte filtre

Udgivelsessår

  • 2020
  • 2019
  • 2018
  • 2016

Forfatter

  • Jan Baumbach
2016

GIPSy: Genomic island prediction software

Soares, S. C., Geyik, H., Ramos, R. T. J., de Sá, P. H. C. G., Barbosa, E. G. V., Baumbach, J., Figueiredo, H. C. P., Miyoshi, A., Tauch, A., Silva, A. & Azevedo, V., 2016, I : Journal of Biotechnology. 232, s. 2-11

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

Guiding biomedical clustering with ClustEval

Wiwie, C., Baumbach, J. & Röttger, R., 1. jun. 2018, I : Nature Protocols. 13, 6, s. 1429-1444

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019

DNA methylome profiling in identical twin pairs discordant for body mass index

Li, W., Zhang, D., Wang, W., Wu, Y., Mohammadnejad, A., Lund, J., Baumbach, J., Christiansen, L. & Tan, Q., dec. 2019, I : International Journal of Obesity. 43, 12, s. 2491-2499

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
35 Downloads (Pure)
2016

Robust and on-line multi-omics de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Åben adgang

Comprehensive analysis of high-throughput screens with HiTSeekR

List, M., Schmidt, S., Christiansen, H., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, 14, s. 6639-6648

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
151 Downloads (Pure)
2018

DiMmer: Discovery of Differentially Methylated Regions in Epigenome-Wide Association Study (EWAS) Data

Frisch, T., Møller Gøttcke, J., Röttger, R., Tan, Q. & Baumbach, J., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (red.). Humana Press, s. 51-62 (Methods in Molecular Biology, Bind 1807).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

Weighted gene co-expression network analysis of microarray mRNA expression profiling in response to electroacupuncture

Mohammadnejad, A., Li, S., Duan, H., Lund, J., Li, W., Baumbach, J. & Tan, Q., dec. 2018, Proceedings of the 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine. Schmidt, H., Griol, D., Wang, H., Baumbach, J., Zheng, H., Callejas, Z., Hu, X., Dickerson, J. & Zhang, L. (red.). IEEE, s. 1876-1883 8621258

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2019
2016

A Simulated Annealing Algorithm for Maximum Common Edge Subgraph Detection in Biological Networks

Larsen, S., Alkærsig, F. G., Ditzel, H., Jurisica, I., Alcaraz, N. & Baumbach, J., 2016, GECCO 2016 - Proceedings of the 2016 Genetic and Evolutionary Computation Conference. Friedrich, T. (red.). Association for Computing Machinery, s. 341-348

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

DiMmeR: Discovery of Multiple Differentially Methylated Regions

Almeida, D. M., Skov, I., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Röttger, R. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

PetriScape: A plugin for discrete Petri net simulations in Cytoscape

Almeida, D., Azevedo, V., Silva, A. & Baumbach, J., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 1, 6 s., 284.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
62 Downloads (Pure)
2019

From single drug targets to synergistic network pharmacology in ischemic stroke

Casas, A. I., Hassan, A. A., Larsen, S. J., Gomez-Rangel, V., Elbatreek, M., Kleikers, P. W. M., Guney, E., Egea, J., López, M. G., Baumbach, J. & Schmidt, H. H. H. W., 2. apr. 2019, I : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 14, s. 7129-7136

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
84 Downloads (Pure)
2016

Differentially Methylated Genomic Regions in Birth-Weight Discordant Twin Pairs

Chen, M., Baumbach, J., Vandin, F., Röttger, R., Vieira Barbosa, E. G., Dong, M., Nielsen, M. F. M., Christiansen, L. & Tan, Q., 2016, I : Annals of Human Genetics. 80, 2, s. 81-87

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019

Genomic profiling in ovarian cancer retreated with platinum based chemotherapy presented homologous recombination deficiency and copy number imbalances of CCNE1 and RB1 genes

da Costa, A. A. B. A., do Canto, L. M., Larsen, S. J., Ribeiro, A. R. G., Stecca, C. E., Petersen, A. H., Aagaard, M. M., de Brot, L., Baumbach, J., Baiocchi, G., Achatz, M. I. & Rogatto, S. R., 6. maj 2019, I : BMC Cancer. 19, 1, 10 s., 422.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
135 Downloads (Pure)
2016

Metagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments

Zeng, Y., Baumbach, J., Barbosa, E. G. V., Azevedo, V., Zhang, C. & Koblížek, M., 2016, I : Environmental Microbiology Reports. 8, 1, s. 139-149

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

A Case-only Genome-Wide Association Study on Gene-Sex Interaction in Allergic Rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Li, W., Haagerup, A., Baumbach, J. & Tan, Q., sep. 2018, I : Annals of Allergy, Asthma, & Immunology. 121, 3, s. 366-367.e2

Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningpeer review

Åben adgang
Fil
72 Downloads (Pure)

Elucidation of time-dependent systems biology cell response patterns with time course network enrichment

Wiwie, C., Rauch, A., Haakonsson, A., Barrio-Hernandez, I., Blagoev, B., Mandrup, S., Röttger, R. & Baumbach, J., 2018, I : arxiv.org.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Åben adgang
Fil
149 Downloads (Pure)
2016

CytoGEDEVO: Global alignment of biological networks with Cytoscape

Malek, M., Ibragimov, R., Albrecht, M. & Baumbach, J., 2016, I : Bioinformatics. 32, 8, s. 1259-1261

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

Gene methylation co-regulation network analysis of all-cause mortaltiy in ageing individuals

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., 16. okt. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Online interactive microbial classification and geospatial distributional analysis using BioAtlas

Lund, J., Tan, Q. & Baumbach, J., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (red.). New York: Humana Press, Bind 1807. s. 21-35 (Methods in Molecular Biology, Bind 1807).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

2016

KeyPathwayMinerWeb: online multi-omics network enrichment

List, M., Alcaraz, N., Dissing-Hansen, M., Ditzel, H. J., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W98-W104

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
164 Downloads (Pure)
2018

Orthologous proteins of experimental de- and remyelination are differentially regulated in the CSF proteome of multiple sclerosis subtypes

Martin, N. A., Nawrocki, A., Molnar, V., Elkjaer, M. L., Thygesen, E. K., Palkovits, M., Acs, P., Sejbaek, T., Nielsen, H. H., Hegedus, Z., Sellebjerg, F., Molnar, T., Barbosa, E. G. V., Alcaraz, N., Gallyas, F., Svenningsen, A. F., Baumbach, J., Lassmann, H., Larsen, M. R. & Illes, Z., 2018, I : PLOS ONE. 13, 8, s. 1-26 e0202530.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
157 Downloads (Pure)

On the power of epigenome-wide association studies using a disease-discordant twin design

Li, W., Christiansen, L., Hjelmborg, J. V. B., Baumbach, J. & Tan, Q., 1. dec. 2018, I : Bioinformatics. 34, 23, s. 4073–4078

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019

Increased levels of genomic instability and mutations in homologous recombination genes in locally advanced rectal carcinomas

Do Canto, L. M., Larsen, S. J., Kupper, B. E. C., De Souza Begnami, M. D. F., Scapulatempo-Neto, C., Petersen, A. H., Aagaard, M. M., Baumbach, J., Aguiar, S. & Rogatto, S. R., 14. maj 2019, I : Frontiers in Oncology. 9, 9 s., 00395.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
99 Downloads (Pure)

TiCoNE 2: A Composite Clustering Model for Robust Cluster Analyses on Noisy Data

Wiwie, C., Röttger, R. & Baumbach, J., 28. apr. 2019, I : arxiv.org.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Fil
8 Downloads (Pure)

The Selection of a Hepatocyte Cell Line Susceptible to Plasmodium falciparum Sporozoite Invasion That Is Associated With Expression of Glypican-3

Tweedell, R. E., Tao, D., Hamerly, T., Robinson, T. M., Larsen, S., Grønning, A. G. B., Norris, A. M., King, J. G., Law, H. C. H., Baumbach, J., Bergmann-Leitner, E. S. & Dinglasan, R. R., 28. feb. 2019, I : Frontiers in Microbiology. 10, FEB, 16 s., 127.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
99 Downloads (Pure)

DNA methylome profiling of all-cause mortality in comparison with age-associated methylation patterns

Lund, J., Li, S., Baumbach, J., Svane, A. M., Hjelmborg, J. V. B., Christiansen, L., Christensen, K., Redmond, P., Marioni, R. E., Deary, I. J. & Tan, Q., 8. feb. 2019, I : Clinical Epigenetics. 11, 8 s., 23.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
130 Downloads (Pure)
2020

Age‐dependent DNA methylation patterns on the Y chromosome in elderly males

Lund, J. B., Li, S., Christensen, K., Mengel-From, J., Thinggaard, M. S., Marioni, R. E., Starr, J., Pattie, A., Deary, I. J., Baumbach, J. & Tan, Q., feb. 2020, I : Aging Cell. 19, 2, 8 s., e12907.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
74 Downloads (Pure)
2019

Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets

Wiwie, C., Kuznetsova, I., Mostafa, A., Rauch, A., Haakonsson, A., Barrio-Hernandez, I., Blagoev, B., Mandrup, S., Schmidt, H. H. H. W., Pleschka, S., Röttger, R. & Baumbach, J., 2019, I : Systems medicine (New Rochelle, N.Y.). 2, 1, 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
101 Downloads (Pure)

Molecular signature of different lesion types in the brain white matter of patients with progressive multiple sclerosis

Elkjaer, M. L., Frisch, T., Reynolds, R., Kacprowski, T., Burton, M., Kruse, T. A., Thomassen, M., Baumbach, J. & Illes, Z., 11. dec. 2019, I : Acta Neuropathologica Communications. 7, 17 s., 205.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
57 Downloads (Pure)
2018

DNA methylation linked to all-cause mortality in older people: An epigenome-wide association study.

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., mar. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2019

Community effort endorsing multiscale modelling, multiscale data science and multiscale computing for systems medicine

Zanin, M., Chorbev, I., Stres, B., Stalidzans, E., Vera, J., Tieri, P., Castiglione, F., Groen, D., Zheng, H., Baumbach, J., Schmid, J. A., Basilio, J., Klimek, P., Debeljak, N., Rozman, D. & Schmidt, H. H. H. W., 21. maj 2019, I : Briefings in Bioinformatics. 20, 3, s. 1057-1062

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
8 Downloads (Pure)
2018

Temporal changes of inflammation and endothelial dysfunction in multiple sclerosis related to the evolution of enhancing lesions on frequent MRI

Stensballe, A., Kastaniegaard, K., Jorgensen, M., Baek, R., Sejbaek, T., Bennike, T., Wiwie, C., Baumbach, J., Cotton, F., Guttmann, C. & Illes, Z., 1. okt. 2018, I : Multiple Sclerosis Journal. 24, Suppl. 2, s. 457-458 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

Network analysis of DNA methylation of visceral adipose tissue comparing obese individuals with and without type 2 diabetes

Mohammadnejad, A., Li, W., Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., 25. sep. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2019

Osteogenesis depends on commissioning of a network of stem cell transcription factors that act as repressors of adipogenesis

Rauch, A., Haakonsson, A. K., Madsen, J. G. S., Larsen, M., Forss, I., Madsen, M. R., Van Hauwaert, E. L., Wiwie, C., Jespersen, N. Z., Tencerova, M., Nielsen, R., Larsen, B. D., Röttger, R., Baumbach, J., Scheele, C., Kassem, M. & Mandrup, S., apr. 2019, I : Nature Genetics. 51, 4, s. 716-727

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

CoNVaQ: a web tool for copy number variation-based association studies

Larsen, S. J., do Canto, L. M., Rogatto, S. R. & Baumbach, J., 18. maj 2018, I : BMC Genomics. 19, 9 s., 369.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
146 Downloads (Pure)
2019

E. coli gene regulatory networks are inconsistent with gene expression data

Larsen, S. J., Röttger, R., Schmidt, H. H. H. W. & Baumbach, J., 10. jan. 2019, I : Nucleic acids research. 47, 1, s. 85-92

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
95 Downloads (Pure)
2016

Jllumina: A comprehensive Java-based API for statistical Illumina Infinium HumanMethylation450 and MethylationEPIC data processing

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Lund, J., Mohammadnejad, A., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Baumbach, J. & Röttger, R., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 4, s. 294 9 s., 294.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
76 Downloads (Pure)
2018

The End of Medicine as We Know It: Introduction to the New Journal, Systems Medicine

Baumbach, J. & Schmidt, H. H. H. W., 2018, I : Network and Systems Medicine. 1, 1, s. 1-2

Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskning

Åben adgang
Fil
7 Downloads (Pure)

Molecular signature of brain lesion evolution and fate in progressive MS

Elkjaer, M. L., Frisch, T., Burton, M., Reynolds, R., Kruse, T., Thomassen, M., Baumbach, J. & Illes, Z., 1. okt. 2018, I : Multiple Sclerosis Journal. 24, Suppl. 2, s. 182-183 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

2016

Robust de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner 5

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016, I : F1000Research. 2016, 5, 10 s., 1531.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
170 Downloads (Pure)
2019

Enriched power of disease-concordant twin-case-only design in detecting interactions in genome-wide association studies

Li, W., Baumbach, J., Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Vandin, F., Korbel, J. O. & Tan, Q., 1. apr. 2019, I : European Journal of Human Genetics. 27, 4, s. 631-636

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
56 Downloads (Pure)
2018

The druggable pocketome of Corynebacterium diphtheriae: A new approach for in silico putative druggable targets

Hassan, S. S., Jamal, S. B., Radusky, L. G., Tiwari, S., Ullah, A., Ali, J., Behramand, de Carvalho, P. V. S. D., Shams, R., Khan, S., Figueiredo, H. C. P., Barh, D., Ghosh, P., Silva, A., Baumbach, J., Röttger, R., Turjanski, A. G. & Azevedo, V. A. C., 2018, I : Frontiers in Genetics. 9, 9 s., 44.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
124 Downloads (Pure)