Find publikationer

Søg emneordskoncepter
Valgte filtre

Udgivelsessår

  • 2020
  • 2019
  • 2017
  • 2016

Forfatter

  • Jan Baumbach
2017

Elucidation of altered pathways in tumor-initiating cells of triple-negative breast cancer: A useful cell model system for drug screening

Christensen, A. G., Ehmsen, S., Terp, M. G., Batra, R., Alcaraz, N., Baumbach, J., Noer, J. B., Moreira, J. M. A., Leth-Larsen, R., Larsen, M. R. & Ditzel, H. J., aug. 2017, I : Stem Cells. 35, 8, s. 1898–1912

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

A Simulated Annealing Algorithm for Maximum Common Edge Subgraph Detection in Biological Networks

Larsen, S., Alkærsig, F. G., Ditzel, H., Jurisica, I., Alcaraz, N. & Baumbach, J., 2016, GECCO 2016 - Proceedings of the 2016 Genetic and Evolutionary Computation Conference. Friedrich, T. (red.). Association for Computing Machinery, s. 341-348

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

Metagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments

Zeng, Y., Baumbach, J., Barbosa, E. G. V., Azevedo, V., Zhang, C. & Koblížek, M., 2016, I : Environmental Microbiology Reports. 8, 1, s. 139-149

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019
2017

On the performance of pre-microRNA detection algorithms

Saçar Demirci, M. D., Baumbach, J. & Allmer, J., 2017, I : Nature Communications. 8, 9 s., 330.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
140 Downloads (Pure)
2016

Differentially Methylated Genomic Regions in Birth-Weight Discordant Twin Pairs

Chen, M., Baumbach, J., Vandin, F., Röttger, R., Vieira Barbosa, E. G., Dong, M., Nielsen, M. F. M., Christiansen, L. & Tan, Q., 2016, I : Annals of Human Genetics. 80, 2, s. 81-87

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2017

Efficient Management of High-Throughput Screening Libraries with SAVANAH

List, M., Elnegaard, M. P., Schmidt, S., Christiansen, H., Tan, Q., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2017, I : Journal of Biomolecular Screening. 22, 2, s. 196-202

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

Jllumina: A comprehensive Java-based API for statistical Illumina Infinium HumanMethylation450 and MethylationEPIC data processing

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Lund, J., Mohammadnejad, A., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Baumbach, J. & Röttger, R., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 4, s. 294 9 s., 294.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
77 Downloads (Pure)
2017

A simulation study on power of epigenome-wide association analysis using disease-discordant twin design

Li, W., Baumbach, J., Christiansen, L. & Tan, Q., 28. maj 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Enriched power of case-only design in detecting gene-gene interaction using disease concordant twins

Li, W., Vandin, F., Baumbach, J. & Tan, Q., 22. jun. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Interactive microbial distribution analysis using BioAtlas

Lund, J., List, M. & Baumbach, J., 2017, I : Nucleic Acids Research. 45, W1, s. W509–W513

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
165 Downloads (Pure)

CytoMCS: A Multiple Maximum Common Subgraph Detection Tool for Cytoscape

Larsen, S. & Baumbach, J., 21. jul. 2017, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 14, 2, 8 s., 20170014.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
148 Downloads (Pure)

BioAtlas: Interactive web service for microbial distribution analysis

Lund, J., List, M. & Baumbach, J., 21. jul. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterFormidling

2019

E. coli gene regulatory networks are inconsistent with gene expression data

Larsen, S. J., Röttger, R., Schmidt, H. H. H. W. & Baumbach, J., 10. jan. 2019, I : Nucleic acids research. 47, 1, s. 85-92

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
98 Downloads (Pure)
2017

A case-only genome-wide association study for assessing gene-sex interaction in Allergic rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Haagerup, A., Vestbo, J., Baumbach, J. & Tan, Q., aug. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2019

Molecular signature of different lesion types in the brain white matter of patients with progressive multiple sclerosis

Elkjaer, M. L., Frisch, T., Reynolds, R., Kacprowski, T., Burton, M., Kruse, T. A., Thomassen, M., Baumbach, J. & Illes, Z., 11. dec. 2019, I : Acta Neuropathologica Communications. 7, 17 s., 205.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
57 Downloads (Pure)

From single drug targets to synergistic network pharmacology in ischemic stroke

Casas, A. I., Hassan, A. A., Larsen, S. J., Gomez-Rangel, V., Elbatreek, M., Kleikers, P. W. M., Guney, E., Egea, J., López, M. G., Baumbach, J. & Schmidt, H. H. H. W., 2. apr. 2019, I : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 14, s. 7129-7136

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
89 Downloads (Pure)

DNA methylome profiling of all-cause mortality in comparison with age-associated methylation patterns

Lund, J., Li, S., Baumbach, J., Svane, A. M., Hjelmborg, J. V. B., Christiansen, L., Christensen, K., Redmond, P., Marioni, R. E., Deary, I. J. & Tan, Q., 8. feb. 2019, I : Clinical Epigenetics. 11, 8 s., 23.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
132 Downloads (Pure)

Enriched power of disease-concordant twin-case-only design in detecting interactions in genome-wide association studies

Li, W., Baumbach, J., Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Vandin, F., Korbel, J. O. & Tan, Q., 1. apr. 2019, I : European Journal of Human Genetics. 27, 4, s. 631-636

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
58 Downloads (Pure)
2017

On the performance of de novo pathway enrichment

Batra, R., Alcaraz, N., Gitzhofer, K., Pauling, J., Ditzel, H. J., Hellmuth, M., Baumbach, J. & List, M., 2017, I : n p j Systems Biology and Applications. 3, 6.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
171 Downloads (Pure)
2020
2016

CytoGEDEVO: Global alignment of biological networks with Cytoscape

Malek, M., Ibragimov, R., Albrecht, M. & Baumbach, J., 2016, I : Bioinformatics. 32, 8, s. 1259-1261

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

KeyPathwayMinerWeb: online multi-omics network enrichment

List, M., Alcaraz, N., Dissing-Hansen, M., Ditzel, H. J., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W98-W104

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
169 Downloads (Pure)
2020

Age‐dependent DNA methylation patterns on the Y chromosome in elderly males

Lund, J. B., Li, S., Christensen, K., Mengel-From, J., Thinggaard, M. S., Marioni, R. E., Starr, J., Pattie, A., Deary, I. J., Baumbach, J. & Tan, Q., feb. 2020, I : Aging Cell. 19, 2, 8 s., e12907.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
74 Downloads (Pure)
2016

Robust de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner 5

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016, I : F1000Research. 2016, 5, 10 s., 1531.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
170 Downloads (Pure)
2017

Efficient detection of differentially methylated regions using DiMmeR

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Röttger, R. & Baumbach, J., 15. feb. 2017, I : Bioinformatics. 33, 4, s. 549-551

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019

TiCoNE 2: A Composite Clustering Model for Robust Cluster Analyses on Noisy Data

Wiwie, C., Röttger, R. & Baumbach, J., 28. apr. 2019, I : arxiv.org.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Fil
8 Downloads (Pure)
2017

An integrative in-silico approach for therapeutic target identification in the human pathogen Corynebacterium diphtheriae

Jamal, S. B., Hassan, S. S., Tiwari, S., Viana, M. V., De Jesus Benevides, L., Ullah, A., Turjanski, A. G., Barh, D., Ghosh, P., Costa, D. A., Silva, A., Röttger, R., Baumbach, J. & Azevedo, V. A. C., 2017, I : PLOS ONE. 12, 10, 25 s., e0186401.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
164 Downloads (Pure)
2019

Community effort endorsing multiscale modelling, multiscale data science and multiscale computing for systems medicine

Zanin, M., Chorbev, I., Stres, B., Stalidzans, E., Vera, J., Tieri, P., Castiglione, F., Groen, D., Zheng, H., Baumbach, J., Schmid, J. A., Basilio, J., Klimek, P., Debeljak, N., Rozman, D. & Schmidt, H. H. H. W., 21. maj 2019, I : Briefings in Bioinformatics. 20, 3, s. 1057-1062

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
16 Downloads (Pure)
2017

De novo pathway-based biomarker identification

Alcaraz, N., List, M., Batra, R., Vandin, F., Ditzel, H. J. & Baumbach, J., 2017, I : Nucleic Acids Research. 45, 16, 11 s., e151.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
184 Downloads (Pure)
2016

Comprehensive analysis of high-throughput screens with HiTSeekR

List, M., Schmidt, S., Christiansen, H., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, 14, s. 6639-6648

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
159 Downloads (Pure)
2019

Increased levels of genomic instability and mutations in homologous recombination genes in locally advanced rectal carcinomas

Do Canto, L. M., Larsen, S. J., Kupper, B. E. C., De Souza Begnami, M. D. F., Scapulatempo-Neto, C., Petersen, A. H., Aagaard, M. M., Baumbach, J., Aguiar, S. & Rogatto, S. R., 14. maj 2019, I : Frontiers in Oncology. 9, 9 s., 00395.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
108 Downloads (Pure)

DNA methylome profiling in identical twin pairs discordant for body mass index

Li, W., Zhang, D., Wang, W., Wu, Y., Mohammadnejad, A., Lund, J., Baumbach, J., Christiansen, L. & Tan, Q., dec. 2019, I : International Journal of Obesity. 43, 12, s. 2491-2499

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
38 Downloads (Pure)

Genomic profiling in ovarian cancer retreated with platinum based chemotherapy presented homologous recombination deficiency and copy number imbalances of CCNE1 and RB1 genes

da Costa, A. A. B. A., do Canto, L. M., Larsen, S. J., Ribeiro, A. R. G., Stecca, C. E., Petersen, A. H., Aagaard, M. M., de Brot, L., Baumbach, J., Baiocchi, G., Achatz, M. I. & Rogatto, S. R., 6. maj 2019, I : BMC Cancer. 19, 1, 10 s., 422.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
141 Downloads (Pure)
2017

Drug repurposing by integrated literature mining and drug–gene–disease triangulation

Sun, P., Guo, J., Winnenburg, R. & Baumbach, J., 2017, I : Drug Discovery Today. 22, 4, s. 615-619

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

2019

The Selection of a Hepatocyte Cell Line Susceptible to Plasmodium falciparum Sporozoite Invasion That Is Associated With Expression of Glypican-3

Tweedell, R. E., Tao, D., Hamerly, T., Robinson, T. M., Larsen, S., Grønning, A. G. B., Norris, A. M., King, J. G., Law, H. C. H., Baumbach, J., Bergmann-Leitner, E. S. & Dinglasan, R. R., 28. feb. 2019, I : Frontiers in Microbiology. 10, FEB, 16 s., 127.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
104 Downloads (Pure)
2016

DiMmeR: Discovery of Multiple Differentially Methylated Regions

Almeida, D. M., Skov, I., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Röttger, R. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

2019

Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets

Wiwie, C., Kuznetsova, I., Mostafa, A., Rauch, A., Haakonsson, A., Barrio-Hernandez, I., Blagoev, B., Mandrup, S., Schmidt, H. H. H. W., Pleschka, S., Röttger, R. & Baumbach, J., 2019, I : Systems medicine (New Rochelle, N.Y.). 2, 1, 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
101 Downloads (Pure)
2016

GIPSy: Genomic island prediction software

Soares, S. C., Geyik, H., Ramos, R. T. J., de Sá, P. H. C. G., Barbosa, E. G. V., Baumbach, J., Figueiredo, H. C. P., Miyoshi, A., Tauch, A., Silva, A. & Azevedo, V., 2016, I : Journal of Biotechnology. 232, s. 2-11

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Robust and on-line multi-omics de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Åben adgang
2017

Association of X chromosome-linked DNA-methylation with mortality in the elderly.

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., jun. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Polygenic analysis of genome-wide SNP data identifies common variants on allergic rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Haagerup, A., Vestbo, J., Baumbach, J. & Tan, Q., maj 2017. 1 s.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2016

PetriScape: A plugin for discrete Petri net simulations in Cytoscape

Almeida, D., Azevedo, V., Silva, A. & Baumbach, J., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 1, 6 s., 284.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
63 Downloads (Pure)
2019

Osteogenesis depends on commissioning of a network of stem cell transcription factors that act as repressors of adipogenesis

Rauch, A., Haakonsson, A. K., Madsen, J. G. S., Larsen, M., Forss, I., Madsen, M. R., Van Hauwaert, E. L., Wiwie, C., Jespersen, N. Z., Tencerova, M., Nielsen, R., Larsen, B. D., Röttger, R., Baumbach, J., Scheele, C., Kassem, M. & Mandrup, S., apr. 2019, I : Nature Genetics. 51, 4, s. 716-727

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2017

LifeStyle-Specific-Islands (LiSSI): Integrated Bioinformatics Platform for Genomic Island Analysis

Barbosa, E., Rottger, R., Hauschild, A-C., Soares, S. D. C., Boecker, S., Azevedo, V. & Baumbach, J., 2017, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 14, 2, 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
138 Downloads (Pure)