Find publikationer

Søg emneordskoncepter
Valgte filtre

Udgivelsessår

  • 2020
  • 2018
  • 2017
  • 2016

Forfatter

  • Jan Baumbach
2016
2018

Guiding biomedical clustering with ClustEval

Wiwie, C., Baumbach, J. & Röttger, R., 1. jun. 2018, I : Nature Protocols. 13, 6, s. 1429-1444

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2017

Interactive microbial distribution analysis using BioAtlas

Lund, J., List, M. & Baumbach, J., 2017, I : Nucleic Acids Research. 45, W1, s. W509–W513

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
165 Downloads (Pure)

CytoMCS: A Multiple Maximum Common Subgraph Detection Tool for Cytoscape

Larsen, S. & Baumbach, J., 21. jul. 2017, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 14, 2, 8 s., 20170014.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
148 Downloads (Pure)
2016

Differentially Methylated Genomic Regions in Birth-Weight Discordant Twin Pairs

Chen, M., Baumbach, J., Vandin, F., Röttger, R., Vieira Barbosa, E. G., Dong, M., Nielsen, M. F. M., Christiansen, L. & Tan, Q., 2016, I : Annals of Human Genetics. 80, 2, s. 81-87

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2017

Efficient Management of High-Throughput Screening Libraries with SAVANAH

List, M., Elnegaard, M. P., Schmidt, S., Christiansen, H., Tan, Q., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2017, I : Journal of Biomolecular Screening. 22, 2, s. 196-202

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

Jllumina: A comprehensive Java-based API for statistical Illumina Infinium HumanMethylation450 and MethylationEPIC data processing

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Lund, J., Mohammadnejad, A., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Baumbach, J. & Röttger, R., 2016, I : Journal of Integrative Bioinformatics. 13, 4, s. 294 9 s., 294.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
77 Downloads (Pure)
2018

Network analysis of DNA methylation of visceral adipose tissue comparing obese individuals with and without type 2 diabetes

Mohammadnejad, A., Li, W., Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., 25. sep. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2017

A simulation study on power of epigenome-wide association analysis using disease-discordant twin design

Li, W., Baumbach, J., Christiansen, L. & Tan, Q., 28. maj 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Enriched power of case-only design in detecting gene-gene interaction using disease concordant twins

Li, W., Vandin, F., Baumbach, J. & Tan, Q., 22. jun. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2018

Elucidation of time-dependent systems biology cell response patterns with time course network enrichment

Wiwie, C., Rauch, A., Haakonsson, A., Barrio-Hernandez, I., Blagoev, B., Mandrup, S., Röttger, R. & Baumbach, J., 2018, I : arxiv.org.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Åben adgang
Fil
149 Downloads (Pure)
2017

BioAtlas: Interactive web service for microbial distribution analysis

Lund, J., List, M. & Baumbach, J., 21. jul. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterFormidling

On the performance of pre-microRNA detection algorithms

Saçar Demirci, M. D., Baumbach, J. & Allmer, J., 2017, I : Nature Communications. 8, 9 s., 330.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
140 Downloads (Pure)
2016

A Simulated Annealing Algorithm for Maximum Common Edge Subgraph Detection in Biological Networks

Larsen, S., Alkærsig, F. G., Ditzel, H., Jurisica, I., Alcaraz, N. & Baumbach, J., 2016, GECCO 2016 - Proceedings of the 2016 Genetic and Evolutionary Computation Conference. Friedrich, T. (red.). Association for Computing Machinery, s. 341-348

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2017

Elucidation of altered pathways in tumor-initiating cells of triple-negative breast cancer: A useful cell model system for drug screening

Christensen, A. G., Ehmsen, S., Terp, M. G., Batra, R., Alcaraz, N., Baumbach, J., Noer, J. B., Moreira, J. M. A., Leth-Larsen, R., Larsen, M. R. & Ditzel, H. J., aug. 2017, I : Stem Cells. 35, 8, s. 1898–1912

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

On the power of epigenome-wide association studies using a disease-discordant twin design

Li, W., Christiansen, L., Hjelmborg, J. V. B., Baumbach, J. & Tan, Q., 1. dec. 2018, I : Bioinformatics. 34, 23, s. 4073–4078

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

Metagenomic evidence for the presence of phototrophic Gemmatimonadetes bacteria in diverse environments

Zeng, Y., Baumbach, J., Barbosa, E. G. V., Azevedo, V., Zhang, C. & Koblížek, M., 2016, I : Environmental Microbiology Reports. 8, 1, s. 139-149

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2018

Molecular signature of brain lesion evolution and fate in progressive MS

Elkjaer, M. L., Frisch, T., Burton, M., Reynolds, R., Kruse, T., Thomassen, M., Baumbach, J. & Illes, Z., 1. okt. 2018, I : Multiple Sclerosis Journal. 24, Suppl. 2, s. 182-183 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

2017

A case-only genome-wide association study for assessing gene-sex interaction in Allergic rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Haagerup, A., Vestbo, J., Baumbach, J. & Tan, Q., aug. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

On the performance of de novo pathway enrichment

Batra, R., Alcaraz, N., Gitzhofer, K., Pauling, J., Ditzel, H. J., Hellmuth, M., Baumbach, J. & List, M., 2017, I : n p j Systems Biology and Applications. 3, 6.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
171 Downloads (Pure)
2020
2016

CytoGEDEVO: Global alignment of biological networks with Cytoscape

Malek, M., Ibragimov, R., Albrecht, M. & Baumbach, J., 2016, I : Bioinformatics. 32, 8, s. 1259-1261

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2017

An integrative in-silico approach for therapeutic target identification in the human pathogen Corynebacterium diphtheriae

Jamal, S. B., Hassan, S. S., Tiwari, S., Viana, M. V., De Jesus Benevides, L., Ullah, A., Turjanski, A. G., Barh, D., Ghosh, P., Costa, D. A., Silva, A., Röttger, R., Baumbach, J. & Azevedo, V. A. C., 2017, I : PLOS ONE. 12, 10, 25 s., e0186401.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
164 Downloads (Pure)
2018

Weighted gene co-expression network analysis of microarray mRNA expression profiling in response to electroacupuncture

Mohammadnejad, A., Li, S., Duan, H., Lund, J., Li, W., Baumbach, J. & Tan, Q., dec. 2018, Proceedings of the 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine. Schmidt, H., Griol, D., Wang, H., Baumbach, J., Zheng, H., Callejas, Z., Hu, X., Dickerson, J. & Zhang, L. (red.). IEEE, s. 1876-1883 8621258

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingKonferencebidrag i proceedingsForskningpeer review

2020

Age‐dependent DNA methylation patterns on the Y chromosome in elderly males

Lund, J. B., Li, S., Christensen, K., Mengel-From, J., Thinggaard, M. S., Marioni, R. E., Starr, J., Pattie, A., Deary, I. J., Baumbach, J. & Tan, Q., feb. 2020, I : Aging Cell. 19, 2, 8 s., e12907.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
74 Downloads (Pure)
2016

Robust de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner 5

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016, I : F1000Research. 2016, 5, 10 s., 1531.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
170 Downloads (Pure)

A simulation study on power of epigenome-wide association analysis using disease-discordant twin design

Li, W., Baumbach, J., Christiansen, L. & Tan, Q., okt. 2018, I : European Journal of Human Genetics. 26, s. 767-768 2 s., P18.18B.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

2017

Efficient detection of differentially methylated regions using DiMmeR

Almeida, D. M., Uhrenfeldt Skov, I., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Röttger, R. & Baumbach, J., 15. feb. 2017, I : Bioinformatics. 33, 4, s. 549-551

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

KeyPathwayMinerWeb: online multi-omics network enrichment

List, M., Alcaraz, N., Dissing-Hansen, M., Ditzel, H. J., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W98-W104

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
169 Downloads (Pure)
2018

A Case-only Genome-Wide Association Study on Gene-Sex Interaction in Allergic Rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Li, W., Haagerup, A., Baumbach, J. & Tan, Q., sep. 2018, I : Annals of Allergy, Asthma, & Immunology. 121, 3, s. 366-367.e2

Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningpeer review

Åben adgang
Fil
72 Downloads (Pure)
2017

De novo pathway-based biomarker identification

Alcaraz, N., List, M., Batra, R., Vandin, F., Ditzel, H. J. & Baumbach, J., 2017, I : Nucleic Acids Research. 45, 16, 11 s., e151.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
184 Downloads (Pure)
2016

Comprehensive analysis of high-throughput screens with HiTSeekR

List, M., Schmidt, S., Christiansen, H., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J. & Baumbach, J., 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, 14, s. 6639-6648

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
159 Downloads (Pure)
2018

Using neural networks to predict effects of mutations on protein binding

Gronning, A. G. B., Doktor, T. K., Larsen, S. J., Bruun, G. H., Baumbach, J. & Andresen, B. S., okt. 2018, I : European Journal of Human Genetics. 26, s. 719 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

2017

Drug repurposing by integrated literature mining and drug–gene–disease triangulation

Sun, P., Guo, J., Winnenburg, R. & Baumbach, J., 2017, I : Drug Discovery Today. 22, 4, s. 615-619

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

2018

The End of Medicine as We Know It: Introduction to the New Journal, Systems Medicine

Baumbach, J. & Schmidt, H. H. H. W., 2018, I : Network and Systems Medicine. 1, 1, s. 1-2

Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskning

Åben adgang
Fil
7 Downloads (Pure)

Temporal changes of inflammation and endothelial dysfunction in multiple sclerosis related to the evolution of enhancing lesions on frequent MRI

Stensballe, A., Kastaniegaard, K., Jorgensen, M., Baek, R., Sejbaek, T., Bennike, T., Wiwie, C., Baumbach, J., Cotton, F., Guttmann, C. & Illes, Z., 1. okt. 2018, I : Multiple Sclerosis Journal. 24, Suppl. 2, s. 457-458 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

Orthologous proteins of experimental de- and remyelination are differentially regulated in the CSF proteome of multiple sclerosis subtypes

Martin, N. A., Nawrocki, A., Molnar, V., Elkjaer, M. L., Thygesen, E. K., Palkovits, M., Acs, P., Sejbaek, T., Nielsen, H. H., Hegedus, Z., Sellebjerg, F., Molnar, T., Barbosa, E. G. V., Alcaraz, N., Gallyas, F., Svenningsen, A. F., Baumbach, J., Lassmann, H., Larsen, M. R. & Illes, Z., 2018, I : PLOS ONE. 13, 8, s. 1-26 e0202530.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
158 Downloads (Pure)

CoNVaQ: a web tool for copy number variation-based association studies

Larsen, S. J., do Canto, L. M., Rogatto, S. R. & Baumbach, J., 18. maj 2018, I : BMC Genomics. 19, 9 s., 369.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
151 Downloads (Pure)

The druggable pocketome of Corynebacterium diphtheriae: A new approach for in silico putative druggable targets

Hassan, S. S., Jamal, S. B., Radusky, L. G., Tiwari, S., Ullah, A., Ali, J., Behramand, de Carvalho, P. V. S. D., Shams, R., Khan, S., Figueiredo, H. C. P., Barh, D., Ghosh, P., Silva, A., Baumbach, J., Röttger, R., Turjanski, A. G. & Azevedo, V. A. C., 2018, I : Frontiers in Genetics. 9, 9 s., 44.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
124 Downloads (Pure)
2016

DiMmeR: Discovery of Multiple Differentially Methylated Regions

Almeida, D. M., Skov, I., Silva, A., Vandin, F., Tan, Q., Röttger, R. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

2017

Association of X chromosome-linked DNA-methylation with mortality in the elderly.

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., jun. 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

2018

Online interactive microbial classification and geospatial distributional analysis using BioAtlas

Lund, J., Tan, Q. & Baumbach, J., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (red.). New York: Humana Press, Bind 1807. s. 21-35 (Methods in Molecular Biology, Bind 1807).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

Gene methylation co-regulation network analysis of all-cause mortaltiy in ageing individuals

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., 16. okt. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

DNA methylation linked to all-cause mortality in older people: An epigenome-wide association study.

Lund, J., Baumbach, J. & Tan, Q., mar. 2018.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

DiMmer: Discovery of Differentially Methylated Regions in Epigenome-Wide Association Study (EWAS) Data

Frisch, T., Møller Gøttcke, J., Röttger, R., Tan, Q. & Baumbach, J., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (red.). Humana Press, s. 51-62 (Methods in Molecular Biology, Bind 1807).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

2016

Robust and on-line multi-omics de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner

Alcaraz, N., List, M., Dissing-Hansen, M., Rehmsmeier, M., Tan, Q., Mollenhauer, J., Ditzel, H. & Baumbach, J., 2016.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Åben adgang
2018

Polygenic analysis of genome-wide SNP data identifies common variants on allergic rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Haagerup, A., Vestbo, J., Baumbach, J. & Tan, Q., okt. 2018, I : European Journal of Human Genetics. 26, S, s. 781 1 s., P18.49A.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

2017

Polygenic analysis of genome-wide SNP data identifies common variants on allergic rhinitis

Mohammadnejad, A., Brasch-Andersen, C., Haagerup, A., Vestbo, J., Baumbach, J. & Tan, Q., maj 2017. 1 s.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review