Uddannelses- og Forskningsministeriet - FNU - Global identification and characterization of in vivo binding sites for the major splicing regulatory HNRNP A/B proteins in human disease genes

Projekter: ProjektForskning

Projektdetaljer

Beskrivelse

The overall aim of this project is to use an unbiased global approach employing
iCLIP, PEP-seq and RNA-seq to identify and characterize in vivo binding sites for the
major splicing regulatory hnRNPA/B proteins in the human transcriptome.
We will identify alternative splicing events regulated by hnRNPA/B and delineate the
individual and shared roles of these important splicing regulatory proteins. We will
determine their binding motifs, construct scoring matrices for evaluation of
sequence variants and investigate the importance of RNA secondary structure for
their binding.
Finally, we will identify hnRNPA/B binding splicing inhibitory sequences, which can
be targeted for splicing modulation employing splice shifting oligonucleotides
(SSOs) that can block binding and thereby correct splicing of mutated human
disease genes.
This project will provide knowledge fundamental to our understanding of alternative
splicing regulation in normal and disease-associated cellular processes.

Lægmandssprog

Formålet med projektet er, i humane sygdomsgener vha. nye revolutionerede
teknikker, iCLIP, PEP-seq og RNA-seq, i levende celler (in vivo) at identificere og
karakterisere alle bindingssteder for fundamentale splejsningsregulerende proteiner (SRPs) fra hnRNPA/B familien.
Præ-mRNA splejsning er en vigtig og nødvendig proces i regulationen af alle geners udtryk og regulering af alternativ splejsning er fundamental for alle cellers korrekte funktion, vækst og udvikling. RNA splejsning styres af SRPs, der binder til specifikke splejsningsregulerende sekvenser (SREs) i generne.
Vi vil identificere og karakterisere alternativ splejsning, der reguleres af hnRNPA/B proteinerne og undersøge deres individuelle og fælles roller i regulationen. Vi vil identificere in vivo bindingssteder for hnRNPA/B proteinerne, karakterisere deres fælles og unikke bindingsmotiver, samt afklare betydningen af RNA-sekundær struktur for bindingen. Vi vil funktionelt undersøge de fundne bindingsmotiver og udvikle computer-baserede programmer, der kan vurdere effekten af mutationer og sekvensvariation i disse bindingsmotiver.
Endelig vil vi identificere hnRNPA/B bindende, hæmmende SREs, der kan blokkeres med splice shifting oligonucleotider og dermed korrigere splejsningen af muterede sygdomsgener.
Projektet vil føre til vigtig ny viden om hnRNPA/B proteinernes rolle i regulationen af alternativ splejsning ved normale og sygdomsmæssige processer i cellen.
StatusAfsluttet
Effektiv start/slut dato01/07/201530/09/2019