Maritim og regional historie 1500-1900

• Atlanterhavet, Nordsø, Østersø
• Vadehavet og Vadehavsøerne
• social- og økonomisk historie
• historisk antropologi og mikrohistorie
• region og identitet
• historisk metode og teori 
• visuel historie
• den grænseoverskridende region Syddanmark - Schleswig-Holstein
• Danmark og Nordafrika

Væsentlige publikationer

• Fuglene på Skallingen. Odense 2022. 282 s.
• Eventyrets kyster. Billeder fra hav og strand. Esbjerg 2018. 131 s. 
• Ipke und Angens. Die Welt eines nordfriesischen Schiffers und seiner Frau (1787-1801). Stuttgart 2016. 161 s. 
• Die Insel und das Meer. Seefahrt und Gesellschaft auf Amrum 1700-1860. Stuttgart 2016. 578 s.
• Bunkers. Atlantvoldens perspektiver i Danmark. Redaktion: Lulu Anne Hansen & Martin Rheinheimer. Odense 2014. 350 s.
• Aus der Mitte des Landes. Klaus-Joachim Lorenzen-Schmidt zum 65. Geburtstag. Redaktion: Detlev Kraack & Martin Rheinheimer. Neumünster/Hamburg 2013. 551 s.
• Unter Sklaven und Piraten. Die Abenteuerliche Geschichte des Amrumer Kapitäns Hark Nickelsen. Amrum 2010. 80 s.  
• Mensch und Meer in der Geschichte Schleswig-Holsteins und Süddänemarks. Redaktion: Martin Rheinheimer. Neumünster 2010. 392 s.
• Geschlechterreihen der Insel Amrum 1694-1918. Amrum 2010. 390 s.
• Der Kojenmann. Mensch und Natur im Wattenmeer 1860-1900. Neumünster 2007. 292 s.
• Grenzen in der Geschichte Schleswig-Holsteins und Dänemarks. Redaktion: Martin Rheinheimer. Neumünster 2006. 480 s.
• Jütlands Westküste. Eine Bildreise / Jyllands vestkyst. En billedrejse. Neumünster 2005. 96 s.
• Schriftlichkeit und Identität in der Neuzeit. Redaktion: Martin Rheinheimer. Neumünster 2004. 258 s.
• Hvor havet ender. Billeder fra den jyske vestkyst. Esbjerg 2003. 128 s.
• Pirater og kristne slaver. En sømands møde med den islamiske kultur i 1700-tallet. Redaktion: Mette Guldberg & Martin Rheinheimer. Esbjerg 2003. 44 s.
• Der fremde Sohn. Hark Olufs' Wiederkehr aus der Sklaverei. Neumünster 2001. 229 s. (3. oplag 2007).
• Der Durchgang durch die Welt. Lebenslauf, Generationen und Identität in der Neuzeit. Redaktion: Martin Rheinheimer. Neumünster 2001. 440 s.
• Arme, Bettler und Vaganten. Überleben in der Not 1450-1850. Frankfurt am Main 2000. 252 s. (Tjekkisk udgave 2003, spansk udgave 2009).
• Die Psychohistorie des Erlebens. Redaktion: Ralph Frenken & Martin Rheinheimer. Kiel 2000. 361 s.
• Die Dorfordnungen im Herzogtum Schleswig. Dorf und Obrigkeit in der Frühen Neuzeit. Stuttgart 1999. 2 bind, XIII, 347; XVIII, 1017 s.
• Subjektive Welten. Wahrnehmung und Identität in der Neuzeit. Redaktion: Martin Rheinheimer. Neumünster 1998. 380 s.
• Bibliographie zur Wirtschafts- und Sozialgeschichte Schleswig-Holsteins. Neumünster 1997. XXV, 1113 s.
• Das Kreuzfahrerfürstentum Galiläa. Frankfurt am Main/Bern/New York/Paris 1990. X, 299 s.