• Campusvej 55

    5230 Odense M

    Danmark

19992019
Hvis du har foretaget ændringer i Pure, vil de snart blive vist her.

Publikationer 1999 2019

2019

Base-Pairing Properties of Double-Headed Nucleotides

Hornum, M., Stendevad, J., Sharma, P. K., Kumar, P., Nielsen, R. B., Petersen, M. & Nielsen, P., 28. maj 2019, I : Chemistry: A European Journal. 25, 30, s. 7387-7395

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Base Pairing
Hypoxanthine
DNA
Guanine
Adenine
2017
33 Downloads (Pure)

An averaged polarizable potential for multiscale modeling in phospholipid membranes

Witzke, S., List, N. H., Olsen, J. M. H., Steinmann, C., Petersen, M., Beerepoot, M. T. P. & Kongsted, J., 2017, I : Journal of Computational Chemistry. 38, 9, s. 601-611

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
Multiscale Modeling
Phospholipids
Lipids
Membrane
Charge
140 Downloads (Pure)

Condensing the information in DNA with double-headed nucleotides

Hornum, M., Sharma, P. K., Reslow-Jacobsen, C., Kumar, P., Petersen, M. & Nielsen, P., 2017, I : Chemical Communications. 53, 70, s. 9717-9720 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningpeer review

Åben adgang
Fil
Nucleotides
DNA
Phosphates
140 Downloads (Pure)
Åben adgang
Fil
Serine Proteinase Inhibitors
Deuterium
Plasminogen Activator Inhibitor 1
Computer Simulation
Hydrogen
2016

Molecular Dynamics Simulations Reveal the Conformational Flexibility of Lipid II and Its Loose Association with the Defensin Plectasin in the Staphylococcus aureus Membrane

Witzke, S., Petersen, M., Carpenter, T. S. & Khalid, S., 2016, I : Biochemistry. 55, 23, s. 3303-3314

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Defensins
Molecular Dynamics Simulation
Molecular dynamics
Membranes
Computer simulation
2015

Targeting VEGF with LNA-stabilized G-rich oligonucleotide for efficient breast cancer inhibition

Edwards, S. L., Poongavanam, V., R Kanwar, J., Roy, K., M. Hillman, K., Prasad, N., Leth-Larsen, R., Petersen, M., Marusic, M., Plavec, J., Wengel, J. & Veedu, R. N., 7. maj 2015, I : Chemical Communications. 51, 46, s. 9499-9502

Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningpeer review

Oligonucleotides
Nucleic acids
Vascular Endothelial Growth Factor A
Nucleotide Aptamers
Vascular Endothelial Growth Factor Receptor
2014

Double-coding nucleic acids; Introduction of a nucleobase sequence in the major groove of the DNA duplex using double-headed nucleotides

Kumar, P., Sorinas, A. F., Nielsen, L. J., Slot, M., Skytte, K., Nielsen, A. S., Jensen, M. D., Sharma, P. K., Vester, B., Petersen, M. & Nielsen, P., 2014, I : Journal of Organic Chemistry. 79, s. 8020-8030 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2013

The extension of a DNA double helix by an additional Watson-Crick base pair on the same backbone

Kumar, P., Sharma, P. K., Madsen, C. S., Petersen, M. & Nielsen, P., 2013, I : ChemBioChem. 14, 9, s. 1072-1074

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Base Pairing
Nucleotides
DNA
2012

Additional Base Pair Formation in DNA Duplexes by a Double-Headed Nucleotide

Stahl Madsen, C., Witzke, S., Kumar, P., Negi, K., Sharma, P. K., Petersen, M. & Nielsen, P., 2012, I : Chemistry: A European Journal. 18, s. 7434-7442 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Chemical maturation of a bivalent aptamer by single domain variation

Rohrbach, F., Fatthalla, M. I., Kupper, T., Pötzsch, B., Müller, J., Petersen, M., Pedersen, E. B. & Mayer, G., 2012, I : ChemBioChem. 13, 5, s. 631-4 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Polycyclic Aromatic Hydrocarbons
Molecules

Improved Inhibition of Telomerase by Short Twisted Intercalating Nucleic Acids under Molecular Crowding Conditions

Agarwal, T., Pradhan, D., Géci, I., El-Madani, A. M., Petersen, M., Pedersen, E. B. & Maiti, S., 2012, I : Nucleic Acid Therapeutics. 22, 6, s. 399-404 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Crowding
Telomerase
Nucleic Acids
Assays
Oligonucleotides

The subgenomic promoter of brome mosaic virus folds into a stem-loop structure capped by a pseudo-triloop that is structurally similar to the triloop of the genomic promoter

Skov, J., Gaudin, M., Podbevsek, P., Olsthoorn, R. C. L. & Petersen, M., 2012, I : R N A. 18, 5, s. 992-1000 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2011

Introduction of Additional Nucleobases into the Double Helix

Nielsen, P., Stahl Madsen, C., Jørgensen, A. S., Witzke, S., Shaikh, K. I., Kumar, P., Sharma, P. K. & Petersen, M., 2011, I : Collection Symposium Series. 12, s. 189-193 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Selection of G-quadruplex folding topology with LNA-modified human telomeric sequences in K+ solution

Pradhan, D., Hansen, L. H., Vester, B. & Petersen, M., 18. feb. 2011, I : Chemistry: A European Journal. 17, 8, s. 2405-13 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Nucleic acids
Topology
Nucleotides
Conformations
DNA

Synthesis and Structural Characterization of 2'-Fluoro-α-L-RNA-Modified Oligonucleotides

Bundgaard Jensen, T., Pasternak, A., Stahl Madsen, A., Petersen, M. & Wengel, J., 2011, I : ChemBioChem. 12, 12, s. 1904-11 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Oligonucleotides
RNA
Nucleotides
Molecular modeling
Thymine

Synthesis and structural characterization of piperazino-modified DNA that favours hybridization towards DNA over RNA

Skov, J., Bryld, T., Lindegaard, D., Nielsen, K. E., Højland, T., Wengel, J. & Petersen, M., 2011, I : Nucleic Acids Research. 39, 5, s. 1953-65 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

RNA
DNA
Fluorescence
Base Pairing
Freezing
2010

Nucleic Acids Studied by NMR Spectroscopy

Petersen, M., 2010, Encyclopedia of Spectroscopy and Spectrometry. 2nd udg. Elsevier, s. 1992-2001 10 s.

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport/konference-proceedingBidrag til bog/antologiForskningpeer review

Synthesis and molecular modelling of double-functionalized nucleosides with aromatic moieties in the 5´(S)-position and minor groove interactions in DNA zipper structures

Shaikh, K. I., Madsen, C. S., Nielsen, L. J., Jørgensen, A. S., Nielsen, H., Petersen, M. & Nielsen, P., 2010, I : Chemistry: A European Journal. 16, s. 12904-12919 16 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

The Inclusion of Terpenoid Plant Extracts in Lipid Bilayers Investigated by Molecular Dynamics Simulations

Witzke, S., Duelund, L., Kongsted, J., Petersen, M., Mouritsen, O. G. & Khandelia, H., 2010, I : Journal of Physical Chemistry B. 114, s. 15825-15831 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2009

Solution structure of a locked nucleic acid modified quadruplex: introducing the V4 folding topology

Nielsen, J. T., Arar, K. & Petersen, M., 2009, I : Angewandte Chemie - International Edition. 48, 17, s. 3099-3103

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Synthesis of Functionalized Carbocyclic Locked Nucleic Acid Analogues by Ring-Closing Diene and Enyne Metathesis and their Influence on Nucleic Acid Stability and Structure

Kumar, S., Haslund Hansen, M., Albæk, N., Inglev Steffansen, S., Petersen, M. & Nielsen, P., 2009, I : Journal of Organic Chemistry. 74, 17, s. 6756-6769 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Tunable c-MYC LNA i-motif

Kumar, N., Petersen, M. & Maiti, S., 2009, I : Chemical Communications. 12, s. 1532-1534

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2008

Silencing c-MYC expression by targeting quadruplex in P1 promoter using locked nucleic acid trap

Kumar, N., Patowary, A., Sivasubbu, S., Petersen, M. & Maiti, S., 2008, I : Biochemistry. 47, s. 13179-13188 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2007

i-motif formation with LNA (locked nucleic acid)

Kumar, N., Nielsen, J. T., Maiti, S. & Petersen, M., 2007, I : Angewandte Chemie - International Edition. 46, s. 9220-9222 3 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Two Carbocyclic Locked Nucleic Acid Analogues Give Structural Information about the Role of Hydration in A-type Duplexes

Albæk, N., Petersen, M. & Nielsen, P., 2007, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 26, s. 1529-1532 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2006

A cyclic dinucleotide with a four-carbon 5´-C-to-5´-C connection: synthesis by RCM, NMR-examination and incorporation into secondary nucleic acid structuresCyclic dinucleotide

Sharma, P. K., Mikkelsen, B. H., Christensen, M. S., Nielsen, K. E., Kirchhoff, C., Pedersen, S. L., Sørensen, A. M., Østergaard, K., Petersen, M. & Nielsen, P., 2006, I : Organic & Biomolecular Chemistry. 4, s. 2433-2445

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Prediction of Molecular Alignment of Nucleic Acids in Aligned Media

Wu, B., Petersen, M., Girard, F., Tessari, M. & Wijmenga, S. S., 2006, I : Journal of Biomolecular NMR. 35, s. 103-115

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Solution structures of LNA (locked nucleic acid) modified tetrameric quadruplexes

Nielsen, J. T., Arar, K. & Petersen, M., 2006, I : Nucleic Acids Research. 34, s. 2006-2014

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Structure of the apical loop of the Hepatitis B virus encapsidation signal

Flodell, S., Petersen, M., Girard, F., Zdunek, J., Kidd-Ljunggren, K., Schleucher, J. & Wijmenga, S. S., 2006, I : Nucleic Acids Research. 34, s. 4449-4457

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Triplex formation with a-L-LNA (a-L-ribo configured locked nucleic acid)

Kumar, N., Nielsen, K. E., Maiti, S. & Petersen, M., 2006, I : Journal of the American Chemical Society. 128, s. 14-15

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Two Carbocyclic Locked Nucleic Acid Analogues Give Structural Information About the Role of Hydration in A-Type Duplexes

Nielsen, P., Albæk, N. & Petersen, M., 2006.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

2005

An alfa-D-Configured Bicyclic Nucleoside Restricted in an Etype Conformation: Synthesis and Parallel RNA Recognition

Sharma, P. K., Petersen, M. & Nielsen, P., 2005, I : Journal of Organic Chemistry. 70, s. 4918-4928

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Trisomy 13 due to rea(13q;13q) is caused by i(13) and not rob(13;13)(q10;q10) in the majority of cases

Bugge, M., deLozier-Blanchet, C., Bak, M., Brandt, C., Hertz, J. M., Nielsen, J. B., Duprez, L. & Petersen, M. B., 2005, I : American Journal of Medical Genetics. Part A. 132A, 3, s. 310-3 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Isochromosomes
Mothers
Amniocentesis
Fetus
Polymerase Chain Reaction
2004

A ring-closing metathesis based synthesis of bicyclic nucleosides locked in S-type conformations by hydroxyl functionalised 3',4'-trans linkages

Freitag, M., Thomasen, H., Christensen, N. K., Petersen, M. & Nielsen, P., 2004, I : Tetrahedron. 60, s. 3775-3786

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Intercalating Nucleic Acids: The Influence of Linker Length and Intercalator Type on Their Duplex Stabilities.

Christensen, U., Wamberg, M. C., El-Essawy, F. A. G., Ismail, A. E-H., Nielsen, C. B., Filichev, V. V., Jessen, C. H., Petersen, M. & Pedersen, E. B., 2004, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 23, s. 207-225

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

NMR Structure Determination of a Modified DNA Oligonucleotide Containing a New Intercalating Nucleic Acid.

Nielsen, C. B., Petersen, M., Pedersen, E. B., Hansen, P. E. & Christensen, U., 2004, I : Bioconjugate Chemistry. 15, s. 260-269

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

NMR studies of fully modified locked nucleic acid (LNA) hybrids: Solution structure of an LNA:RNA hybrid and characterization of an LNA:DNA hybrid

Nielsen, K. E., Rasmussen, J., Kumar, R., Wengel, J., Jacobsen, J. P. & Petersen, M., 2004, I : Bioconjugate Chemistry. 15, 3, s. 449-457

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Solution structure of a dsDNA:LNA triplex.

Sørensen, J. J., Nielsen, J. T. & Petersen, M., 2004, I : Nucleic Acids Research. 32, s. 6078-6085

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2003

2'-Spiro ribo- and arabinonucleosides: synthesis, molecular modelling and incorporation into oligodeoxynucleotides

Babu, B. R., Keinicke, L., Petersen, M., Nielsen, C. & Wengel, J., 2003, I : Organic & Biomolecular Chemistry. 2003, 1, s. 3514-3526

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Arabinonucleosides
Molecular modeling
Oligodeoxyribonucleotides
DNA
Nucleosides

a-LNA (a-D-Configured Locked Nucleic Acid)

Christensen, N. K., Petersen, M., Vester, B. & Nielsen, P., 2003, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 22, s. 1143-1145

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Bi- and Tricyclic Nucleoside Derivatives Restricted in S-Type Conformations and Obtained by RCM-Reactions

Albæk, N., Ravn, J., Freitag, M., Thomasen, H., Christensen, N. K., Petersen, M. & Nielsen, P., 2003, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 22, s. 723-725

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Oligonucleotides
Nucleic acids
Molecular dynamics
Monomers
Derivatives

LNA: a versatile tool for the therapeutics and genomics

Petersen, M. & Wengel, J., 2003, I : Trends in Biotechnology. 21, 2, s. 74-81

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Nucleic acids
RNA
Nucleic Acids
Catalytic DNA
Complementary RNA

LNA and α-L-LNA: Towards Therapeutic Applications

Wengel, J., Vester, B., Lundberg, L. B., Douthwaite, S., Sørensen, M. D., Babu, B. R., Gait, M. J., Arzumanov, A., Petersen, M. & Nielsen, J. T., 2003, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 22, 5-8, s. 601-604

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

RNA Cleavage
Catalytic DNA
Oligomers
HIV-1
RNA

NMR solution structure of dsDNA containing a bicyclic D-arabino-configured nucleotide fixed in an O4'-endo sugar conformation

Tømmerholt, H. V., Christensen, N. K., Nielsen, P., Wengel, J., Stein, P. C., Jacobsen, J. P. & Petersen, M., 2003, I : Organic & Biomolecular Chemistry. 2003, 10, s. 1790-1797

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Sugars
Conformations
Nucleotides
Nuclear magnetic resonance
Deoxyribose

NMR structure of an (-L-LNA:RNA hybrid: structural implications for RNase H recognition

Nielsen, J. T., Stein, P. C. & Petersen, M., 2003, I : Nucleic Acids Research. 31, s. 5858-67

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Åben adgang

Structural Characterization of LNA and α-L-LNA Hybridized to RNA

Petersen, M., Nielsen, J. T., Bondensgaard, K., Wengel, J. & Jacobsen, J. P., 2003, I : Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids. 22, 5-8, s. 1691-1693

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Oligonucleotides
RNA
2002

3',4'-trans-Linked bicyclic nucleosides locked in S-type conformations

Thomasen, H., Meldgaard, M., Freitag, M., Petersen, M., Wengel, J. & Nielsen, P., 2002, I : Chemical Communications. 2002, 17, s. 1888-1889

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Cyclic Ethers
Nucleosides
Conformations
Ethers
Derivatives

Locked nucleic acid (LNA) recognition of RNA: NMR solution structures of LNA:RNA hybrids

Petersen, M., Bondensgaard, K., Wengel, J. & Petersen, J. P., 2002, I : Journal of the American Chemical Society. 124, 21, s. 5974–5982

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning