Hvis du har foretaget ændringer i Pure, vil de snart blive vist her.

Publikationer

2020

Clearance of activity-evoked K+ transients and associated glia cell swelling occur independently of AQP4: A study with an isoform-selective AQP4 inhibitor

Toft-Bertelsen, T. L., Larsen, B. R., Christensen, S. K., Khandelia, H., Waagepetersen, H. S. & MacAulay, N., 7. jun. 2020, I : Glia.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Interdisciplinary Synergy to Reveal Mechanisms of Annexin-Mediated Plasma Membrane Shaping and Repair

Bendix, P. M., Simonsen, A. C., Florentsen, C. D., Häger, S. C., Mularski, A., Zanjani, A. A. H., Moreno-Pescador, G., Klenow, M. B., Sønder, S. L., Danielsen, H. M., Arastoo, M. R., Heitmann, A. S., Pandey, M. P., Lund, F. W., Dias, C., Khandelia, H. & Nylandsted, J., 21. apr. 2020, I : Cells. 9, 4, 12 s., 1029.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
30 Downloads (Pure)

Shuffled lipidation pattern and degree of lipidation determines the membrane interaction behavior of a linear cationic membrane-active peptide

Hedegaard, S. F., Bruhn, D. S., Khandelia, H., Cárdenas, M. & Nielsen, H. M., 15. okt. 2020, I : Journal of Colloid and Interface Science. 578, s. 584-597 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Thermodynamic Investigation of the Mechanism of Heat Production During Membrane Depolarization

Bozorg, B., Lomholt, M. A. & Khandelia, H., 2020, I : The journal of physical chemistry. B. 124, 14, s. 2815-2822 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2019

A single K+-binding site in the crystal structure of the gastric proton pump

Yamamoto, K., Dubey, V., Irie, K., Nakanishi, H., Khandelia, H., Fujiyoshi, Y. & Abe, K., 22. aug. 2019, I : eLife. 8, 22 s., e47701.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
117 Downloads (Pure)

Evidence for ATP Interaction with Phosphatidylcholine Bilayers

Garcia, A., Pochinda, S., Elgaard-Jørgensen, P. N., Khandelia, H. & Clarke, R. J., 30. jul. 2019, I : Langmuir. 35, 30, s. 9944-9953 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
20 Downloads (Pure)

Interaction of the mononucleotide UMP with a fluid phospholipid bilayer

Sasidharan, S., Pochinda, S., Elgaard-Jørgensen, P. N., Rajamani, S., Khandelia, H. & Raghunathan, V. A., 1. jan. 2019, I : Soft Matter. 15, 40, s. 8129-8136 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Mechanism of Cholesterol Sensing in the Niemann Pick Protein (NPC1) using Molecular Dynamics Simulations

Dubey, V., Bozorg, B., Wüstner, D. & Khandelia, H., 15. feb. 2019, I : Biophysical Society. Annual Meeting. Abstracts. 116, 3 Suppl. 1, s. 300A 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

Åben adgang

Mechanism of Cholesterol Sensing in the Niemann Pick Protein (NPC1) using Molecular Dynamics Simulations.

Dubey, V., Bozorg, B., Wüstner, D. & Khandelia, H., 2019.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskningpeer review

Mechanism of K+ binding and selectivity in the sodium potassium pump

Dubey, V., Kopec, W. & Khandelia, H., 1. jul. 2019, I : European Biophysics Journal. 48, Suppl. 1, s. S170 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

On identifying collective displacements in apo-proteins that reveal eventual binding pathways

Dube, D., Ahalawat, N., Khandelia, H., Mondal, J. & Sengupta, S., jan. 2019, I : PloS Computational Biology. 15, 1, e1006665.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
147 Downloads (Pure)
2018

C24 Sphingolipids Govern the Transbilayer Asymmetry of Cholesterol and Lateral Organization of Model and Live-Cell Plasma Membranes

Courtney, K. C., Pezeshkian, W., Raghupathy, R., Zhang, C., Darbyson, A., Ipsen, J. H., Ford, D. A., Khandelia, H., Presley, J. F. & Zha, X., 24. jul. 2018, I : Cell Reports. 24, 4, s. 1037-1049 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
183 Downloads (Pure)

Different footprints of the Zika and dengue surface proteins on viral membranes

Wewer, C. R. & Khandelia, H., 7. jun. 2018, I : Soft Matter. 14, 27, s. 5615-5621

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Faster simulations with a 5 fs timestep for lipids in the CHARMM forcefield

Olesen, K., Awasthi, N., Bruhn, D. S., Pezeshkian, W. & Khandelia, H., jun. 2018, I : Journal of Chemical Theory and Computation. 14 , 6, s. 3342–3350

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
211 Downloads (Pure)

Formation of Membrane Tubular Protrusions upon Localized Application of Calcium Ions to the Surface of Giant Lipid Vesicles

Lobovkina, T., Doosti, B. A., Pezeshkian, W., Bruhn, D. S., Ipsen, J. H., Khandeli, H. & Jeffries, G. D. M., 2. feb. 2018, I : Biophysical Journal. 114, 3, Suppl. 1, s. 562A 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

Åben adgang

Interaction of N-terminal peptide analogues of the Na+,K+-ATPase with membranes

Nguyen, K., Garcia, A., Sani, M. A., Diaz, D., Dubey, V., Clayton, D., Dal Poggetto, G., Cornelius, F., Payne, R. J., Separovic, F., Khandelia, H. & Clarke, R. J., 2018, I : Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1860, 6, s. 1282-1291

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
170 Downloads (Pure)

K+ binding and proton redistribution in the E2P state of the H+, K+-ATPase

Dubey, V., Han, M., Kopec, W., Solov'yov, I. A., Abe, K. & Khandelia, H., 24. aug. 2018, I : Scientific Reports. 8, 1, s. 1-11 12732.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
188 Downloads (Pure)

Lipid Configurations from Molecular Dynamics Simulations

Pezeshkian, W., Khandelia, H. & Marsh, D., 24. apr. 2018, I : Biophysical Journal. 114, 8, s. 1895-1907

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
114 Downloads (Pure)

Measurements and Implications of How Electrical Potentials Can Bend Membranes

Bruhn, D., Pezeshkian, W. & Khandelia, H., 2. feb. 2018, I : Biophysical Journal. 114, 3, Suppl. 1, s. 94A 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningpeer review

Åben adgang

Parameterization of a coarse-grained model of cholesterol with point-dipole electrostatics

Siani, P., Khandelia, H., Orsi, M. & Dias, L. G., nov. 2018, I : Journal of Computer-Aided Molecular Design. 32, 11, s. 1259–1271

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Structural design of intrinsically fluorescent oxysterols

Nåbo, L. J., Modzel, M., Krishnan, K., Covey, D. F., Fujiwara, H., Ory, D. S., Szomek, M., Khandelia, H., Wüstner, D. & Kongsted, J., 2018, I : Chemistry and Physics of Lipids. 212, s. 26–34

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
204 Downloads (Pure)

The CAPOS mutation in ATP1A3 alters Na/K-ATPase function and results in auditory neuropathy which has implications for management

Tranebjærg, L., Strenzke, N., Lindholm, S., Rendtorff, N. D., Poulsen, H., Khandelia, H., Kopec, W., Lyngbye, T. J. B., Hamel, C., Delettre, C., Bocquet, B., Bille, M., Owen, H. H., Bek, T., Jensen, H., Østergaard, K., Möller, C., Luxon, L., Carr, L., Wilson, L. & 11 flere, Rajput, K., Sirimanna, T., Harrop-Griffiths, K., Rahman, S., Vona, B., Doll, J., Haaf, T., Bartsch, O., Rosewich, H., Moser, T. & Bitner-Glindzicz, M., 2018, I : Human Genetics. 137, 2, s. 111–127

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
86 Downloads (Pure)

The Elusive Proton in the Gastric Proton Potassium ATPase

Dubey, V., Abe, K., Solov'yov, I. & Khandelia, H., 2. feb. 2018, s. 146A.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftPosterForskning

The role of Caveolin-1 in Lipid Droplets and their Biogenesis

Pezeshkian, W., Chevrot, G. & Khandelia, H., 2018, I : Chemistry and Physics of Lipids. 211, s. 93-99

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
156 Downloads (Pure)
2017

About simulations of the Zika virus, and membrane bending by electrostatic potentials (flexo-electricity)

Khandelia, H., Bruhn, D. S. & Pezeshkian, W., 2017.

Publikation: Konferencebidrag uden forlag/tidsskriftKonferenceabstrakt til konferenceForskning

A novel role for methyl cysteinate, a cysteine derivative, in cesium accumulation in Arabidopsis thaliana

Adams, E., Miyazaki, T., Hayaishi-Satoh, A., Han, M., Kusano, M., Khandelia, H., Saito, K. & Shin, R., 2017, I : Scientific Reports. 7, 43170.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
209 Downloads (Pure)

C24 sphingolipids play a surprising and central role in governing cholesterol and lateral organization of the live cell plasma membrane

Courtney, KC., Pezeshkian, W., Raghupathy, R., Zhang, C., Darbyson, A., Ipsen, JH., Ford, DA., Khandelia, H., Presley, JF. & Zha, X., okt. 2017

Publikation: AndetAndet bidragForskning

Electrostatic Stabilization Plays a Central Role in Autoinhibitory Regulation of the Na+,K+-ATPase

Jiang, Q., Garcia, A., Han, M., Cornelius, F., Apell, H. J., Khandelia, H. & Clarke, R. J., 2017, I : Biophysical Journal. 112, 2, s. 288-299

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang

Glutamate Water Gates in the Ion Binding Pocket of Na(+) Bound Na(+), K(+)-ATPase

Han, M., Kopec, W., Solov'yov, I. A. & Khandelia, H., 2017, I : Scientific Reports. 7, 10 s., 39829.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
226 Downloads (Pure)

Membrane tubulation in lipid vesicles triggered by the local application of calcium ions

Ali Doosti, B., Pezeshkian, W., Bruhn, D. S., Ipsen, J. H., Khandelia, H., Jeffries, G. D. M. & Lobovkina, T., 2017, I : Langmuir. 33, 41, s. 11010-11017

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2016

An overview of molecular dynamics simulations of oxidized lipid systems, with a comparison of ELBA and MARTINI force fields for coarse grained lipid simulations

Siani, P., de Souza, R. M., Dias, L. G., Itri, R. & Khandelia, H., 2016, I : BBA Biomembranes. 1858, 10, s. 2498-2511

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Membrane invagination induced by Shiga toxin B-subunit: From molecular structure to tube formation

Pezeshkian, W., Hansen, A. G., Johannes, L., Khandelia, H., Shillcock, J. C., Kumar, P. B. S. & Ipsen, J. H., 2016, I : Soft Matter. 2016, 12, s. 5164-5171

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
393 Downloads (Pure)

Perillyl alcohol: Dynamic interactions with the lipid bilayer and implications for long‐term inhalational chemotherapy for gliomas

Orlando da Fonseca, C., Khandelia, H., D’Alincourt Salazar, M., Schönthal, A. H., Meireles, O. C. & Quirico‑Santos, T., 5. jan. 2016, I : Surgical Neurology International. 7, 1

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
212 Downloads (Pure)

Quantifying the Relationship Between Curvature and Electric Potential in Lipid Bilayers

Bruhn, D. S., Lomholt, M. A. & Khandelia, H., 2016, I : The Journal of Physical Chemistry Part B. 120, 21, s. 4812-4817

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Tuning of the Na,K-ATPase by the beta subunit

Hilbers, F., Kopec, W., Isaksen, T. J., Holm, T. H., Lykke-Hartmann, K., Nissen, P., Khandelia, H. & Poulsen, H., 2016, I : Scientific Reports. 6, 11 s., 20442.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
194 Downloads (Pure)
2015

Design of new fluorescent Cholesterol and Ergosterol analogs: Insights from theory

Nåbo, L. J., List, N. H., Witzke, S., Wüstner, D., Khandelia, H. & Kongsted, J., 2015, I : BBA General Subjects. 1848, 10, part A, s. 2188–2199

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

K+ congeners that do not compromise Na+ activation of the Na+,K+-ATPase: hydration of the ion binding cavity likely controls ion selectivity

Mahmmoud, Y. A., Kopec, W. & Khandelia, H., 2015, I : Journal of Biological Chemistry. 290, 6, s. 3720-31

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
118 Downloads (Pure)

Membrane accessibility of glutathione

Garcia, A., Eljack, N. D., Sani, M-A., Separovic, F., Rasmussen, H. H., Kopec, W., Khandelia, H., Cornelius, F. & Clarke, R. J., 29. jul. 2015, I : B B A - Biomembranes. 1848, 10, Part A, s. 2430–2436

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Selective chemical binding enhances cesium tolerance in plants through inhibition of cesium uptake

Adams, E., Chaban, V., Khandelia, H. & Shin, R., 2015, I : Scientific Reports. 5, s. 8842

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
158 Downloads (Pure)

The effects of globotriaosylceramide tail saturation level on bilayer phases

Pezeshkian, W., Chaban, V. V., Johannes, L., Shillcock, J., Ipsen, J. H. & Khandelia, H., 4. feb. 2015, I : Soft Matter. 11, 7, s. 1352-61 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

The N Terminus of Sarcolipin Plays an Important Role in Uncoupling Sarco-endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase (SERCA) ATP Hydrolysis from Ca2+ Transport

Sahoo, S. K., Shaikh, S. A., Sopariwala, D. H., Bal, N. C., Bruhn, D. S., Kopec, W., Khandelia, H. & Periasamy, M., 2015, I : Journal of Biological Chemistry. 290, 22, s. 14057-67

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Fil
173 Downloads (Pure)
2014

Accelerating all-atom MD simulations of lipids using a modified virtual-sites technique

Loubet, B., Kopec, W. & Khandelia, H., 9. dec. 2014, I : Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 12, s. 5690-5695

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Distribution of neutral lipids in the lipid droplet core

Chaban, V. V. & Khandelia, H., 25. sep. 2014, I : Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 118, 38, s. 11145-51 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Insights into the role of cyclic ladderane lipids in bacteria from computer simulations

Chaban, V. V., Kopec, W., Nielsen, M. B. & Khandelia, H., 2014, I : Chemistry and Physics of Lipids. 181, July, s. 76-82

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Lipid Structure in Triolein Lipid Droplets

Chaban, V. V. & Khandelia, H., 20. aug. 2014, I : Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 118, 35, s. 10335–10340

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Molecular mechanism of Na+,K+-ATPase malfunction in mutations characteristic of adrenal hypertension

Kopec, W., Loubet, B., Poulsen, H. & Khandelia, H., 4. feb. 2014, I : Biochemistry. 53, 4, s. 746-54

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Pairing of cholesterol with oxidized phospholipid species in lipid bilayers

Khandelia, H., Loubet, B., Olzynska, A., Juriewicz, P. & Hof, M., 2014, I : Soft Matter. 10, s. 639-647 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Reinforcing the membrane-mediated mechanism of action of the anti-tuberculosis candidate drug thioridazine with molecular simulations

Kopec, W. & Khandelia, H., feb. 2014, I : Journal of Computer - Aided Molecular Design. 28, 2, s. 123-34 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

2013

Conformations of double-headed, triple-tailed phospholipid oxidation lipid products in model membranes

Hermetter, A., Kopec, W. & Khandelia, H., aug. 2013, I : BBA General Subjects. 1828, 8, s. 1700-6 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Molecular dynamics simulations of the interactions of medicinal plant extracts and drugs with lipid bilayer membranes

Kopec, W., Telenius, J. & Khandelia, H., jun. 2013, I : F E B S Journal. 280, 12, s. 2785-805 21 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review