Annette Aagaard Thuesens aktuelle forskning ligger inden for de empiriske felter: EU's Landdistriktsprogram med specifikt fokus på LEADER delen af programmet, landsbyudvikling, lokalrådsorganisering, demokrati og planlægningsprocesser relateret til landdistriktsudvikling. 

I øjeblikket arbejder hun med projekter relateret til lokalt engagement og fællesskab omkring natur og friluftsliv samt forholdet mellem lokalråd og kommune. 

De teoretiske tilgange, der bygges på, er: Demokratisk netværksstyring, partnerskabsorganisering, interaktiv styring/governance, metastyring, deltagerdemokrati, institutionel kapacitet og samskabelse.

Annette Aagaard Thuesen forsvarede i maj 2010 sit Ph.d. projekt om partnerskabsorganisering af landdistriktsudviklingen, herunder mere specifikt de EU initierede LEADER partnerskaber. Partnerskabsorganisering i LEADER sammenhæng vil sige, at offentlige, private og frivillige parter tildeles økonomiske midler og beslutningskompetence og går sammen i horisontale partnerskaber - også kaldet lokale aktionsgrupper. Aktionsgrupperne har til opgave at skabe ny udvikling og løse konkrete problemer relateret til emner som eksempelvis bosætning, erhvervsudvikling, teknologiudvikling og natur og miljø. Formålet med Ph.d. projektet var at bidrage til teoriudviklingen om horisontale partnerskaber i et styringsmæssigt perspektiv. Ph.d. projektet var samfinansieret med Styregruppen for miljøstrategier i jord- og skovbrug (MJS) ved Nordisk Minister Råd. Projektet blev påbegyndt i oktober 2006 og indleveret den 1. februar 2010.