Publikationer 1994 2019

Filtrer
Tidsskriftartikel
2014

Inhibitor Ranking Through QM based Chelation Calculations for Virtual Screening of HIV-1 RNase H inhibition

Poongavanam, V., Svendsen, C. S. & Kongsted, J., 2014, I : PLOS ONE. 9, 6, 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Ribonuclease H
chelation
Chelation
Human immunodeficiency virus 1
HIV-1

Insights into the role of cyclic ladderane lipids in bacteria from computer simulations

Chaban, V. V., Kopec, W., Nielsen, M. B. & Khandelia, H., 2014, I : Chemistry and Physics of Lipids. 181, July, s. 76-82

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

hydrazine
Computer Simulation
Bacteria
Lipids
Computer simulation

KeyPathwayMiner 4.0: condition-specific pathway analysis by combining multiple omics studies and networks with Cytoscape

Alcaraz, N., Pauling, J., Batra, R., Barbosa, E., Junge, A., Christensen, A. G., Azevedo, V., Ditzel, H. J. & Baumbach, J., 2014, I : B M C Systems Biology. 8, 1, 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Computational Biology
Application programs
Pathway
Protein Interaction Maps
Systems Biology

Kvantekemisk mikroskop afslører molekylære mekanisker

List, N. H. & Kongsted, J., 2014, I : Dansk Kemi. 95, 12, s. 24-27

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

Lanczos-driven Coupled cluster damped linear response theory for molecules in polarizable environments

List, N. H., Coriani, S., Kongsted, J. & Christiansen, O., 2014, I : Journal of Chemical Physics. 141, 244107.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Lipid Structure in Triolein Lipid Droplets

Chaban, V. V. & Khandelia, H., 20. aug. 2014, I : Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 118, 35, s. 10335–10340

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Triolein
Lipids
lipids
organelles
Cholesterol

Local robust and asymptotically unbiased estimation of conditional Pareto-type tails

Goegebeur, Y., Guillou, A. & Dierckx, G., 2014, I : Test. 23, 2, s. 330-355

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Low-voltage organic phototransistors based on naphthyl end-capped oligothiophene nanofibers

Liu, X., Tavares, L., Osadnik, A., Larsen Lausen, J., Kongsted, J., Lützen, A., Rubahn, H-G. & Kjelstrup-Hansen, J., 2014, I : Organic Electronics. 15, 6, s. 1273-1281 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

218 Downloads (Pure)

LUX Constraints on Magnetic Dark Matter in the $S\bar{E} χ$y Model with(out) Naturality

T. Frandsen, M., Sannino, F., M. Shoemaker, I. & Svendsen, O., 6. mar. 2014, I : Physical Review D. 89, 055004.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil

Matching of heavy-light flavour currents between HQET at order 1/m and QCD: I. Strategy and tree-level study

Della Morte, M., Dooling, S., Heitger, J., Hesse, D. & Simma, H., 2014, I : Journal of High Energy Physics (JHEP). 1312-1566v2.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Microarray R-based analysis of complex lysate experiments with MIRACLE

List, M., Block, I., Pedersen, M. L., Christiansen, H., Schmidt, S., Thomassen, M., Tan, Q., Baumbach, J. & Mollenhauer, J., sep. 2014, I : Bioinformatics. 30, 17, s. i631-i638

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Protein Array Analysis
Proteins
Metrorrhagia
Computational Biology
Health

Molecular mechanism of Na+,K+-ATPase malfunction in mutations characteristic of adrenal hypertension

Kopec, W., Loubet, B., Poulsen, H. & Khandelia, H., 4. feb. 2014, I : Biochemistry. 53, 4, s. 746-54

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Adenosine Triphosphatases
Ions
Mutation
Substitution reactions
Sodium

Nonparametric regression estimation of conditional tails: The random covariate case

Goegebeur, Y., Guillou, A. & Schorgen, A., 2014, I : Statistics. 48, 4, s. 732-755

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

On the importance of statistics in breath analysis--hope or curse?

Eckel, S. P., Baumbach, J. & Hauschild, A-C., mar. 2014, I : Journal of Breath Research. 8, 1, s. 012001

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

On the limits of computational functional genomics for bacterial lifestyle prediction

Barbosa, E., Röttger, R., Hauschild, A-C., Azevedo, V. & Baumbach, J., 22. maj 2014, I : Briefings in Functional Genomics. 13, 5, s. 398-408

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Pathogens
Virulence
Genes
Computational Biology
Ecosystem

Photobleaching kinetics and time-integrated emission of fluorescent probes in cellular membranes.

Wüstner, D., Christensen, T., Solanko, L. M. & Sage, D., 29. jul. 2014, I : Molecules. 19, 8, s. 11096-11130 35 s., molecules190811096.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Åben adgang
Photobleaching
Bleaching
Fluorescent Dyes
Membranes
Kinetics
156 Downloads (Pure)

Polarizable Embedding Based on Multiconfigurational Methods: Current Developments and the Road Ahead

Hedegård, E. D., Jensen, H. J. A. & Kongsted, J., 2014, I : International Journal of Quantum Chemistry. 114, 17, s. 1102-1107

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil

Polarization versus Temperature in Pyridinium Ionic Liquids

Chaban, V. V. & Prezhdo, O. V., 2014, I : Journal of Physical Chemistry B. 118, 48, s. 13940-13945

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Polyaromatic hydrocarbons do not disturb liquid-liquid phase coexistence, but increase the fluidity of model membranes

Liland, N. S., Simonsen, A. C., Duelund, L., Torstensen, B. E., Berntssen, M. H. G. & Mouritsen, O. G., 2014, I : Chemistry and Physics of Lipids. 184, s. 18-24 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

130 Downloads (Pure)

Primordial tensor modes from quantum corrected inflation

Joergensen, J., Sannino, F. & Svendsen, O., 11. aug. 2014, I : Physical Review D. 043509 .

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
tensors
gravitation
scattering

Promising two-photon probes for in-vivo detection of beta-amyloid deposits

Murugan, N. A., Zalesny, R., Kongsted, J., Nordberg, A. & Ågren, H., 2014, I : Chemical Communications. 50, s. 11694

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Reinforcing the membrane-mediated mechanism of action of the anti-tuberculosis candidate drug thioridazine with molecular simulations

Kopec, W. & Khandelia, H., feb. 2014, I : Journal of Computer - Aided Molecular Design. 28, 2, s. 123-34 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Thioridazine
Membranes
Pharmaceutical Preparations
Phenothiazines
Drug therapy

Robust and bias-corrected estimation of the coefficient of tail dependence

Dutang, C., Goegebeur, Y. & Guillou, A., 2014, I : Insurance: Mathematics and Economics. 57, s. 46-57

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Robust and unbiased estimation of the coefficient of tail dependence

Goegebeur, Y., Guillou, A. & Dutang, C., 2014, I : Insurance: Mathematics and Economics. 57, s. 46-57

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

98 Downloads (Pure)

Scattering lengths in SU(2) gauge theory with two fundamental fermions

Arthur, R., Drach, V., Hansen, M. R. L., Hietanen, A., Pica, C. & Sannino, F., 15. dec. 2014, I : P o S - Proceedings of Science.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
gauge theory
fermions
scattering
bosons
scattering amplitude

Schrödinger functional boundary conditions and improvement for N > 3

Hietanen, A., Karavirta, T. & Vilaseca, P., 2014, I : Journal of High Energy Physics. 11, 28 s., 74.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

102 Downloads (Pure)

Search for high-mass dilepton resonances in pp collisions at √s = 8 TeV with the ATLAS detector

ATLAS Collaboration, 2014, I : Physical Review D. 90, 30 s., 052005.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
collisions
protons
detectors
walking
gravitons

Self-aggregation and optical absorption of stilbazolium merocyanine in chloroform

Silva, D. L., Murugan, N. A., Kongsted, J., Ågren, H. & Canuto, S., 2014, I : Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 118, 7, s. 1715-1725

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Severe slowing-down and universality of the dynamics in disordered interacting many-body systems: ageing and ultraslow diffusion

Sanders, L., Lomholt, M. A., Lizana, L., Fogelmark, K., Metzler, R. & Ambjornsson, T., 2014, I : New Journal of Physics. 16, 14 s., 113050.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Simulations of light absorption of carbon particles in nanoaerosol clusters

Hede, H., Murugan, N. A., Kongsted, J., Leck, C. & Ågren, H., 2014, I : Journal of Physical Chemistry A. 118, s. 1879

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Single-file diffusion with non-thermal initial conditions

Lizana, L., Lomholt, M. A. & Ambjornsson, T., 2014, I : Physica A: Statistical Mechanics and its Applications. 395, s. 148-153

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Smag på naturvidenskaben

Mouritsen, O. G. & Styrbæk, K., 2014, I : LMFK-Bladet. 1, s. 32-39 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelFormidling

SpatTrack: an imaging toolbox for analysis of vesicle motility and distribution in living cells.

Lund, F. W., Jensen, M. L., Christensen, T., Nielsen, G. K., Heegaard, C. W. & Wüstner, D., 16. okt. 2014, I : Traffic. 15, 12, s. 1406-29 25 s., tra.12228.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Cells
Imaging techniques
Spatial Analysis
Fluorescence microscopy
Complex networks
155 Downloads (Pure)

Stable Extensions with(out) Gravity

Antipin, O., Krog, J., Mojaza, M. & Sannino, F., 1. sep. 2014, I : Nuclear Physics, Section B. 886, s. 125–134

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil

Structure and Supersaturation of Highly Concentrated Solutions of Buckyball in 1-Butyl-3-Methylimidazolium Tetrafluoroborate

Fileti, E. E. & Chaban, V. V., 2014, I : Journal of Physical Chemistry B. 118, 26, s. 7376-7382

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

946 Downloads (Pure)

Theoretical 57Fe Mössbauer spectroscopy: isomer shifts of [Fe]-hydrogenase intermediates

Hedegård, E. D., Knecht, S., Ryde, U., Kongsted, J. & Saue, T., 2014, I : Physical Chemistry Chemical Physics. 16, s. 4853-4863 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
127 Downloads (Pure)

The Physics of the $θ$-angle for Composite Extensions of the Standard Model

Vecchia, P. D. & Sannino, F., 8. dec. 2014, I : European Physical Journal Plus. 129, 262.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
quantum chromodynamics
physics
composite materials
particle interactions
gauge theory

The second-order polarization propagator approximation (SOPPA) method coupled to the polaizable continuum model

Eriksen, J. J., Solanko, L. M., Nåbo, L. J., Wüstner, D., Sauer, S. P. A. & Kongsted, J., 2014, I : Computational and Theoretical Chemistry. 1040-1041, s. 54

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Universality and nonuniversality of mobility in heterogeneous single-file systems and Rouse chains

Lomholt, M. A. & Ambjornsson, T., 2014, I : Physical Review E. 89, 7 s., 032101.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Vacuum Alignment with more Flavors

Bidragets oversatte titel: Vacuum Alignment with more FlavorsRyttov, T., 3. jun. 2014, I : Physical Review D. 89, 116003.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Value of a newly sequenced bacterial genome

Barbosa, E., Aburjaile, F. F., Ramos, R. T., Carneiro, A. R., Le Loir, Y., Baumbach, J., Miyoshi, A., Silva, A. & Azevedo, V., 2014, I : World Journal of Biological Chemistry. 5, 2, s. 161-8 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Tidal Waves
Databases
Pharmaceutical Preparations
175 Downloads (Pure)

X-ray lines from dark matter: the good, the bad, and the unlikely

Frandsen, M., Sannino, F., M. Shoemaker, I. & Svendsen, O., 23. maj 2014, I : JCAP. 5

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Fil
dark matter
x rays
demand assignment multiple access
excitation
decay
2013

A comparison of single particle tracking and temporal image correlation spectroscopy for quantitative analysis of endosome motility

Lund, F. W. & Wustner, D., 2013, I : Journal of Microscopy. 252, 2, s. 169-188

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Noise
Signal-To-Noise Ratio
Lighting
Fibroblasts
Fluorescence

BiCluE - Exact and heuristic algorithms for weighted bi-cluster editing of biomedical data

Sun, P., Guo, J. & Baumbach, J., 20. dec. 2013, I : B M C Proceedings. 7, Suppl 7, s. S9

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Heuristic algorithms
Software packages
Explosions
Genome-Wide Association Study
Cluster Analysis

Conformations of double-headed, triple-tailed phospholipid oxidation lipid products in model membranes

Hermetter, A., Kopec, W. & Khandelia, H., aug. 2013, I : BBA General Subjects. 1828, 8, s. 1700-6 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Phospholipids
Lipids
Membranes
Schiff Bases
Lipid Bilayers

Dielectric-loaded plasmonic waveguide components: Going practical

Kumar, A., Gosciniak, J., Volkov, V. S., Papaioannou, S., Kalavrouziotis, D., Vyrsokinos, K., Weeber, J-C., Hassan, K., Markey, L., Dereux, A., Tekin, T., Waldow, M., Apostolopoulos, D., Avramopoulos, H., Pleros, N. & Bozhevolnyi, S. I., 1. jan. 2013, I : Laser & Photonics Reviews.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Mature Epitope Density - A strategy for target selection based on immunoinformatics and exported prokaryotic proteins

Santos, A. R., Pereira, V. B., Barbosa, E., Baumbach, J., Pauling, J., Röttger, R., Turk, M. Z., Silva, A., Miyoshi, A. & Azevedo, V., 2013, I : BMC Genomics. 14, suppl. 6, s. 1-11 11 s., S4.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Proteins
Mycobacterium tuberculosis
Computational Biology
Virulence
Reading

Membrane orientation and lateral diffusion of BODIPY-cholesterol as a function of probe structure

Solanko, L. M., Wüstner, D., Lund, F. W., Brewer, J. R., Midtiby, H., Bittman, R., Eggeling, C., Honigmann, A. & Dekaris, V., 5. nov. 2013, I : Biophysical Journal. 105, 9, s. 2082-2092 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Cholesterol
Membranes
Cell membranes
Fluorophores
4,4-difluoro-4-bora-3a,4a-diaza-s-indacene

Molecular dynamics simulations of the interactions of medicinal plant extracts and drugs with lipid bilayer membranes

Kopec, W., Telenius, J. & Khandelia, H., jun. 2013, I : F E B S Journal. 280, 12, s. 2785-805 21 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Lipid Bilayers
Molecular Dynamics Simulation
Medicinal Plants
Membranes
Pharmaceutical Preparations

Peak Detection Method Evaluation for Ion Mobility Spectrometry by Using Machine Learning Approaches

Hauschild, A-C., Kopczynski, D., D'Addario, M., Baumbach, J. I., Rahmann, S. & Baumbach, J., 2013, I : Metabolites. 3, 2, s. 277-293 17 s.

Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

Spectrometry
Learning systems
Ions
Volatile Organic Compounds
Biomarkers